鲤免疫相关基因的挖掘及芯片构建

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1、学校代码：10264研究生学号：M100101079上海海洋大学硕士学位论文题目：鲤免疫相关基因的挖掘及芯片构建Exploitedofimmune-relatedgeneandconstructedof英文题目：microarrayintheCommomcarp（Cyprinuscarpio）专业：水产养殖研究方向：水产动物遗传育种姓名：柏盈盈指导教师：石连玉研究员上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。

2、除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。

3、保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注严云勤教授东北农业大学教授主席孙效文黑龙江水产研究所研究员委员石连玉黑龙江水产研究所研究员委员尹家胜黑龙江水产研究所研究员委员徐奇友黑龙江水产研究所研究员委员徐伟黑龙江水产研究所研究员委员张晓峰黑龙江水产研究所副研究员委员答辩地黑龙江水产研究所行政答辩日期2013.5.21点楼三楼会议室上海海洋大学硕士学位论文鲤免疫相关基因的挖掘及芯片构建

4、摘要随着水产养殖密度不断增大，病害的侵袭已经严重制约的水产养殖也的健康发展，因此提高鱼类对大规模突发性疾病的抗病能力以成为人们所关注的重点，传统的药物治疗和预防不仅在鱼体内造成残留，也会对污染养殖环境，所以挖掘鱼类免疫相关基因和利用基因芯片快速高通量的检测成为人们研究的热点。本研究获得未注释EST序列35,353条，经过基因功能的GO注释鉴定出444条鲤鱼（Cyprinuscarpio）免疫相关序列，已知核酸序列的获取48条鲤鱼免疫相关功能基因，共获得鲤鱼免疫相关功能序列492条；在37个人体免疫基因芯片上

5、，每个芯片选取8-10个基因，共选取337个基因进行特异性引物设计，共设计出300个基因的特异性引物3107对，合成306对引物，经扩增条件的筛选共选出264对鲤鱼免疫相关功能基因引物。本实验用上述264对引物的PCR扩增产物作为基因芯片的探针，探针浓度为0.5μg/μL时，点样效果最好；点样时湿度为55，点直径200μm，点间距300μm时，点圆润，大小均匀，且分布均匀无交叉；检测样品OD260/OD280值范围为1.8-2.0，浓度300-500ng/μl时杂交效果最好；杂交时样品和杂交液混合比例为1：

6、6，杂交温度为55℃时杂交效果最好，杂交背景较弱；用制备好的基因芯片对未染病镜鲤和染病镜鲤的脾组织进行基因表达差异的检测，应用QuantArray微阵列分析软件，分析两个样品RNA起始量之间的差异，进行比值分析，确定差异表达的基因，在Dendritic&AntigenPresentingCell和antiviralresponse两个信号通路中找到差异表达基因。本研究通过对鲤鱼免疫相关功能基因的的注释和获取，研究鲤鱼免疫机制提供理论基础，并用筛选出的264对引物进行基因芯片的构建，优化了制备条件，为使用基因

7、芯片这中高通量快速的检测基因表达的手段提供前提，利用免疫相关功能基因芯片对未染病的镜鲤和染病镜鲤进行初步的表达差异检测，证明了免疫相关功能基因芯片在鲤鱼免疫机制的研究中应用的可行性。关键词：鲤；免疫相关功能基因；GO注释；基因芯片；制备条件；表达差异检测I上海海洋大学硕士学位论文Exploitedofimmune-relatedgeneandconstructedofmicroarrayintheCommomcarp（Cyprinuscarpio）ABSTRACTWiththeincreasingdensi

8、tyofaquaculture,theinvasionofthediseasehasseriouslyhamperedtheaquaculturehealthdevelopment,therebyincreasingthediseaseresistanceofthefishonthelarge-scalesuddenillnesstobecomethefocusofthestudywasnotcommentEST