长牡蛎生长相关性状qtl定位与连锁不平衡研究

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2、锁不平衡研究学位论文答辩日期：指导教师签字：答辩委员会成员签字：独创声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含未获得（注：如没有其他需要特别声明的，本栏可空）或其他教育机构的学位或证书使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名：签字日期：年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论

3、文的规定，有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权学校可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同时授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》，并通过网络向社会公众提供信息服务。（保密的学位论文在解密后适用本授权书）学位论文作者签名：导师签字：签字日期：年月日签字日期：年月日长牡蛎生长相关性状QTL定位与连锁不平衡研究长牡蛎生长相关性状QTL定位与连锁不平衡研究摘要长牡蛎（

4、Crassostreagigas）是我国乃至世界上最重要的经济贝类之一。虽然传统选育工作已经被积极开展，但是，至今，我国长牡蛎的遗传基础仍然为野生型，未形成可用于生产的稳定品系。缺乏良种、单产低是我国长牡蛎养殖中急需解决的问题。随着分子生物学的飞速发展，分子标记辅助选择育种和传统选育相结合的育种策略将是更加高效的。在本文中，利用分子标记，开展了长牡蛎的遗传图谱构建，生长相关性状的QTL定位和连锁不平衡分析等研究，为长牡蛎的分子育种工作奠定研究基础。1.遗传图谱构建1)采用64个基因组微卫星，42个EST-SS

5、Rs和320个AFLP标记，基于一个F1全同胞家系，构建了长牡蛎的性别平均连锁图。共有426个标记分配到11个连锁群上，观测图谱总长为558.2cM，标记间的平均间隔为1.3cM，基因组覆盖率为94.7%，是目前为止密度最高的长牡蛎遗传图谱。18.8%的标记严重偏分离（P<0.05），其分布是非随机的，倾向于出现在部分遗传区域或者连锁群上。2)微卫星标记是可重复性良好、多态性丰富的共显性标记，在不同群体和实验室间具有良好的通用性，是一种构建整合图谱理想的锚定标记之一。为了提高长牡蛎遗传图谱上的微卫星标记密度，

6、利用6个家系图谱的共有微卫星标记作为锚定标记，构建了长牡蛎的整合图谱。该整合图谱包含161个微卫星标记，覆盖10个连锁群，图谱长度和平均间距分别为615.4cM和3.8cM，各连锁群的标记数介于10~24之间，连锁群长度为47.3~73.3cM，是目前密度最高的长牡蛎微卫星图谱。不同作图家系连锁群上的标记分组保持一致，但标记顺序出现差异，这可能与长牡蛎自然群体中存在广泛的染色体重排现象有关。2.生长相关性状的QTL定位基于长牡蛎的高密度性别平均图谱，对生长相关性状和性别进行了QTL分析。其中，大部分生长相关性

7、状显著相关（P<0.01），经过主成分分析获得了I长牡蛎生长相关性状QTL定位与连锁不平衡研究四个主成分。QTL分析检测到3个与两个主成分显著相关的数量性状位点，解释的表型变异率为0.6%-13.9%。在连锁群6上检测到一个与性别相关的QTL，在C15这一位点上，父母本等位基因解释的性别变异率分别为39.8%和0.01%。3.连锁不平衡研究最近，在采用关联分析定位与重要经济性状相关的功能基因时，连锁不平衡（Linkagedisequilibrium，LD）展现了良好的实用性，因此受到了巨大的关注。关联分析的可

8、行性和高效性依赖于LD水平，它决定关联分析中所使用群体的标记数量和密度以及实验设计。在本研究中，我们首次调查了长牡蛎野生和选育群体的LD水平。在全基因组水平上，选取53个微卫星，分别分析了88个野生个体和96个选育个体。在野生群体中，没有检测到显著性线性标记间的关联，而在选育群体中发现了3个，显著的LD扩展到12.7cM，暗示了在选育群体中，强烈的人工选择可能是一个显著提高基因组LD水平的关键因素。