如何查找一个基因的启动子序列-ucscgenomebioinformaticssite

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1、如何查找一个基因的启动子序列-UCSCGenomeBioinformaticsSite来源：shumingky发布时间：2009-09-13查看次数：1712本篇文章写于早期，随着UCSC网站的改版，本文部分内容与网站不一致，读者操作起来可能不方便。为此，站长原创了一篇文章：“应用UCSC/Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列”，大家可按该文章讲述的方法进行查询基因的启动子，这篇文章之所以没删除，原因是其中有些原理性的内容是一致的，读者可将这两篇文章结合起来阅读。关键词:基因,启动子序列,软件定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序

2、列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为http://genome.ucsc.edu/。以编码pendrin(PDS)的基因为例来说明上述问题。PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点

3、击Browser。使用者现在到了人类基因组浏览器入口。本例的搜寻很简单：在assembly的下拉菜单中选择Dec.2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submit。返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA序列。继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoomout的1.5X按钮。最后点击页面中部的resetall按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。然而，对于本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的TrackControls按纽，将一些路径

4、设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。下面是对基因预测方法的更进一步讨论，这些信息也可以在其他地方找到。对于KnownGenes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。K

5、nownGenes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。AcemblyGenePredictionsWithAlt-splicing路径是利用Acembly程序将人类mRNA和EST序列数据与人类基因组序列进行比对排列而来的。Acembly程序试图找到mRNA与基因组序列的最好的比对排列以及判断选择性剪接模型。假如有多于1个的基因模型具有统计学意义，则它们都全部显示出来。有关Acembly的更多信息可以在NCBI的网站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly

6、/）。EnsemblGenePredictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较，abinitio基因预测使用GENSCAN和基因预测HMMs。http://www.ebi.ac.uk/ensembl/Fgenesh++GenePredictions路径通过寻找基因的结构特征来预测基因内部的外显子，例如剪接位点的给位和受位的结构特征，利用一种动态的程序算法推定编码区域和推定外显子5′端和3′端的内含子区域；这个方法也考虑到蛋白质相似性的资料。GenscanGenePredictions路径由GENS

7、CAN方法衍生而来，通过这个方法，可以确定内含子、外显子、启动子区域和poly(A)信号。此时，这个方法并不期望查询的序列只出现1个基因，因此可以对部分基因或被基因之间的DNA分隔的多个基因进行准确的预测。HumanmRNAsfromGenbank路径显示基因库的人类mRNAs与基因组序列的比对排列。SplicedESTs和HumanEST路径显示来自GenBank的ESTs序列与基因组的序列对齐比较。由于ESTs通常代表了转录基因的片断，一个EST很有可能对应于某个外显子区。最后，RepeatingElementsbyRep