如何查找一个基因的启动子序列

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1、定义:启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录,调控区域能够对不同的环境条件作出应答,对基因的表达水平做出相应的调节。一般查阅外文文献,老外从转录起始位点(TranscriptionStrartSite,TSS,记为+1位)开始上溯2K-3K的区间算做是启动子区域:启动子的范围非常大,可以包含转录起始位点上游2000bp,有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点,因此也属于启动子范围。8票票数DoOneThing,AndDoItWell.myb

2、bffeditedon2005-07-2208:41举报·超级细菌耐药性基因多重PCR检测·【原创】ensembl改版后如何查找启动子·【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列(终)·【共享】如何查找基因启动子,外显子,内含子序列-最新的资料Revelation2005-05-0711:23消息引用收藏分享分享到哪里?·复制网址·新浪微博·34积分·12得票·246丁当加关注·豆瓣社区·腾讯微博·开心网·人人网下面以BCL-2基因为例,查找查找该基因的启动子区域,首先要找到该基因的基因组序列。去NCBI吧,在Sear

3、ch的下拉菜单里找到Gene,在检索项里输入Bcl-2,检索第一项就是bcl-2forhuman,点进去看看啥样。。。0票票数DoOneThing,AndDoItWell.举报·•【消息】ACEI+ARB,你给血透患者用这样的组合吗?Revelation·34积分·12得票·246丁当加关注2005-05-0711:29消息引用收藏分享分享到哪里?·复制网址·新浪微博·豆瓣社区·腾讯微博·开心网·人人网首先你可以看到该基因的参考序列(referencesequence),然后看到bcl-2的位置和基因组背景。bcl-2上

4、游是PHLPP,下游是FVT1基因。在这个长长的网页的最后是已经注册的Bcl-2基因的信息。0票票数DoOneThing,AndDoItWell.Revelationeditedon2005-05-0711:59举报·基因过表达Revelation·34积分·12得票·246丁当加关注2005-05-0711:35消息引用收藏分享分享到哪里?·复制网址·新浪微博·豆瓣社区·腾讯微博·开心网·人人网看到基因组序列了么,点进去,根据序列信息自己就能定位转录起始位点,上游就是promoter了,简单吧。不!我觉得麻烦。有更简单

5、的方法么?有!注意到在网页的开头有这么个链接么?HGNC:9900票票数DoOneThing,AndDoItWell.举报·•【消息】ACEI+ARB,你给血透患者用这样的组合吗?Revelation·34积分·122005-05-0711:38消息引用收藏分享分享到哪里?·复制网址·新浪微博·豆瓣社区·腾讯微博·开心网·人人网得票·246丁当加关注点进去,看看吧。原来是BCL-2的symbolreport,各种各样的连接。注意到左下角的EnsemblGeneView了么,很有用的,点击。0票票数DoOneThing,A

6、ndDoItWell.举报·jetPEIDNAtransfectionreagentRevelation2005-05-0711:42消息引用收藏分享分享到哪里?·复制网址·新浪微博·34积分·12得票·246丁当加关注·豆瓣社区·腾讯微博·开心网·人人网呵呵,原来到了Ensemble了,是Ensemble的report。列出了一堆令人兴奋的信息,太全了,只要是和这个基因相关的信息都能找到,包括SNP,Isoforms,等等等。我们感兴趣的是,这个连接“Viewgenomicsequenceforthisgenewith

7、exonshighlighted”0票票数DoOneThing,AndDoItWell.举报·•【读片】产科疑难超声病例(299):十指连心,水深请谨慎Revelation·34积分·12得票·246丁当加关注2005-05-0711:48消息引用收藏分享分享到哪里?·复制网址·新浪微博·豆瓣社区·腾讯微博·开心网·人人网点击,看看,原来是bcl-2的基因组结构,红底色碱基是exon,绿底色碱基是SNP,太牛了。别光高兴,忘了找promoter,默认的这个report只是显示bcl-2,上游600bp,下游600bp。想

8、想,短了一点。怎么样让5'端多显示几百个碱基呢?秘密在这里。。。0票票数DoOneThing,AndDoItWell.举报·罗氏NimbleGen比较基因组杂交4x72K芯片服务Revelation·34积分2005-05-0711:55消息引用收藏分享分享到哪里?·复制网址·新浪微博·豆瓣社区·腾讯微博·开心网·1

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