资源描述：
《表达序列标签的应用现状及分析方法研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、76-84草业科学27卷05期05/2010PRATACULTURALSCIENCEVol.27.No.05表达序列标签的应用现状及分析方法研究王晓娜,卢欣石(北京林业大学草地资源与生态实验室,北京100083)摘要:表达序列标签是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。1个表达序列标签(EST)代表生物某一时期的某种组织或细胞的1个表达基因。数量迅速增加的表达序列标签已经成为开发分子标记的重要资源。介绍了EST原理、基因表达分析的方法比较、基因测序聚类分析的3个数据库比较及详细方法,表明EST在
2、发现新基因及基因组研究中的应用具有良好的前景。关键词:表达序列标签;聚类;分析方法中图分类号:Q78文献标识码:A文章编号:10010629(2010)05007609表达序列标签EST(ExpressedSequenceGenBank102版本数据中,EST序列已经占用了[3]Tag)是从一个随机选择的cDNA克隆进行5端2/3的记录。美国国立生物技术信息中心(Na和3端单一次测序获得的短的cDNA部分序列,tionalCenterforBiotechnologyInformation,NC代表一个完整
3、基因的一小部分,在数据库中其长BI)对EST进行了聚类分析,按基因划分EST,组度一般从20~7000bp不等,平均长度为360成UniGene数据库。还有一些网站开发了基于120bp。EST作为表达基因所在区域的分子标Internet的EST延伸服务,如Labonweb网站的签因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊IRACE(http://www.labonweb.com),Biosino性质,与来自非表达序列的标记(如AFLP、网站的BioEclone(http://bioinfo.bosino.org:[45]RAPD、S
4、SR等)相比更可能穿越家系与种的限9090/bioeclone.html)等。制,因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较因此对EST的技术要求及应用进行归纳分基因组连锁图和比较质量性状信息上是特别有用析,有利于对研究对象分析不同基因的表达水平,的。另外,由于EST来源于一定环境下一个组织为挖掘和克隆基因提供理论支撑。总mRNA所构建的cDNA文库,因此EST也能1EST特点及其应用说明该组织中各基因的表达水平。ESTs已经被EST计划作为植物基因组计划的一个重要广泛地应用于基因识别,研究发现ESTs的数目组成部分,已经在多种植物物
5、种中开展起来。相比GenBank中其他的核苷酸序列多,研究人员更关标记包括ESTSSR、ESTPCR、ESTSNP、[1]容易在EST库中搜寻到新的基因。由于ESTESTAFLP、ESTRFLP等[6]。近年来,EST的测序只是测定部分序列,也不需要对克隆进行排应用已经深入到生物学的领域,其中表达序列标序,因而完成EST测定所需要的人力、物力消耗签微卫星(ESTSSR)技术的发展和应用较为普与基因组测序和全长cDNA测序相比要少的多,遍,根据SSR的来源可将其分为基因组SSR和具有经济和高效的特点。由于DNA测序技术的不断
6、更新和大规模测序技术的出现,在DNA测收稿日期:20091015基金项目:863高产、多抗、优质苜蓿新品种分子聚合育种序中逐步实现了工厂化和流水作业,因此测序费项目(2008AA10Z149)作者简介:王晓娜(1986),女,河北衡水人,在读硕士生,主要[2]用大幅度降低。从事牧草分子标记辅助育种研究。E_mail:xiaotaoyan5070@qq.com近年来,表达序列标签数据增长迅速。在通信作者:卢欣石E_mail:luxinshi304@126.com05/2010草业科学(第27卷05期)77[7]E
7、STSSR。ESTSSR标记狭义上是指位于个。并在根系的EST文库中发现抗病基因12EST序列上的或者基于EST序列开发的SSR标个,62个EST是其他物种尚未报道的新基因。[18]记,也被称为eSSR标记。佘玮等以生长中期的苎麻Boehmerianivea茎目前较为常用的核酸序列数据库有:美国国皮为材料构建cDNA文库,并进行EST分析,随家信息中心的GenBank,欧洲分子生物学实验室即测序得到275个有效序列,约53.5%的EST的EMBL,日本国家数据库DDBJ,这3个数据库序列可能是未报道的新基因序列。是收录范围最广并完
8、全向公众开放的数据库,在综上所述,EST为种质资源的保护利用和遗它们中均含有EST子数据库dbEST。在核酸序传育种工作提供科学依据,同时作为功能基因组[8]列数据库中,EST的量要占65%以上。研究的重要手段,在功能基
