单核苷酸多态性在水稻遗传育种中的应用

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1、维普资讯http://www.cqvip.com分子植物育种，2004年，第2卷，第4期，第54卜547页MolecularPlantBreeding，2004，Vo1．2，No．4，541—547文献综述REVIEW单核苷酸多态性在水稻遗传育种中的应用吴秀兰孔详礼唐文武包劲松l浙江大学核农学研究所(华家池校区)，杭州，3100292江西农业大学农学院，南昌，330045’通讯作者，jsbao@zju．edu．cn摘要单核苷酸多态性(SNP)是最新发展起来的继限制性片段多态性(RFLP)、微卫星标记(SSR)后的

2、新一代分子标记，具有分布不均匀、丰度高、检测易实现自动化的特点。SNPs日益成为功能基因组学和分子标记辅助选择等领域研究的主要手段。本文主要介绍SNPs在水稻基因组中的分布、特点、检测及其在遗传育种中的应用。关键词单核苷酸多态性(SNP)，分子标记，遗传育种SingleNucleotidePolymorphismsandtheirApplicationinRiceGeneticandBreedingWuXiulan。KongXiangliTangWenwuBaoJinsongt‘1InstituteofNucle

3、arAgriculturalSciences，ZhejiangUniversity(HuajiachiCampus)，Hangzhou，3100292CollegeofAgronomy，JiangxiAgriculturalUniversity，Nanchang，330045Correspondingauthor，jsbao@zju．~du．cnABSTRACTSinglenucleotidepolymorphism(SNP)isthenewgenerationofmolecularmarkerwithchara

4、cteristicsofhjghdensityandmucheasiertobedetectedautomatically．SNPshavebeenwidelyusedinthefieldofDNAmarker—assistedselectionandfunctionalgenomics．Thisreviewintroducedthedistribution，characteristicsofSNPsinricegenomeandtheirapplicationinricegeneticandbreeding．K

5、EYW0RDSSinglenucleotidepolymorphism(SNP)，Molecularmarker，Geneticandbreeding单核苷酸多态性标记(singlenucleotidepoly—间序列差异最为普遍的类型(Sachidanandameta1．．morphism，SNP)，是指近源种群或同种个体基因组2001)。伴随着人类基因组SNPs图谱的诞生以及拟水平上由于单核苷酸变异所引起的DNA序列多态南芥、超级杂交稻SNPs图谱绘制工作的开展，人们性。较普遍的单核苷酸变异包括单个碱基的缺失

6、和越来越相信SNPs作为新一代高通量的遗传标记，插入，但更多的是单个碱基的置换，这是等位基因将在植物多样性、群体遗传、系统进化、分子标记辅维普资讯http://www.cqvip.coms42B助育种与功能基因组学等领域发挥重要的作用染色体序列也接近完成。这些序列中蕴藏着无数(Rafalski，2002；Morineta1．，2004)。本文主要介绍SNPs。Yu等(2002)对9311部分第4染色体分别与SNPs在水稻基因组中的分布、特点、检测及其在遗广陆矮4号、日本晴、培矮64S进行了成对比较，发传育种中的应

7、用。现在置换(substitution)的比例(SNP)是插入／缺失(insertionsanddeletions．InDe1)比例的2～3倍，而31水稻中的SNP及其基本特性个成对比较间的差异非常小。Feng等(2002)比较广陆矮4号第4号染色体的2．3Mb序列和日本晴对籼稻(基因组466Mb)和粳稻(基因组420Mb)应部分(2．4Mb)的序列后共发现9056个SNP，每的全基因组序列都已经完成测序(Goffeta1．，2002；268bp就有1个SNP。在另一研究中，Li等(2004)Yueta1．。20

8、02)。国际水稻基因组测序项目中，水稻利用广陆矮4号的583Kb和日本晴对应的602Kb第1(Sasakieta1．，2002)、4(Fengeta1．，2002)和10序列的比较中共发现2472个SNP，广陆矮4号每号(Yueta1．，2003)染色体序列已经完成解析，其它235bp和日本晴每243bp就有1个SNP(表1)。表l水稻第4号染色体2个区段中发现SNP数目