基于核糖体和线粒体基因序列的栉江珧遗传多样性分析

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1、学校代码：10264研究生学号：M100101040上海海洋大学硕士学位论文基于核糖体和线粒体基因序列的题目：栉江珧遗传多样性分析GeneticdiversityintheAtrinapectinata英文题目：basedontheribosomeandmitochondrialgenesequences专业：水产养殖研究方向：遗传育种姓名：严加坤指导教师：杨爱国研究员二O一三年四月五日上海海洋大学硕士学位论文谨以此文献给我的导师杨爱国先生以及所有关心支持水产养殖事业的人-------严加坤上海海洋大学硕士学位论文上海海

2、洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权

3、上海水产大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注张士璀中国海洋大学教授王印庚黄海水产研究所研究员王昭萍中国海洋大学教授柳淑芳黄海水产研究所研究员刘志鸿黄海水产研究所研究员上海海洋大学硕士学位论文摘要栉江珧（Atrinapectinata）在我国沿海分布较广，经

4、济价值、食用价值均很高。目前关于栉江珧的研究相对较少，主要集中在形态学和繁殖生物学方面，群体遗传学和分子生物学研究较少。为丰富栉江珧遗传学及分子生物学基础研究资料，为栉江珧遗传育种提供科学依据，本研究以野生栉江珧为材料，运用分子生物学技术手段探讨了栉江珧核糖体rRNA转录间隔区序列特点；并对我国野生栉江珧群体进行了遗传多样性分析，丰富栉江珧群体遗传学和分子生物学的研究内容；最后采用Primer-walking技术测得栉江珧线粒体基因组序列并进行数据分析。取得的主要结果如下：利用特定引物对栉江珧转录间隔区的ITS-1及IT

5、S-2基因序列片段进行PCR扩增、测序，并分析片段碱基序列特征。结果表明：栉江珧ITS-1序列长度为570bp（T:20.2%、C:30.0%、A:22.3%和G:27.5%）、ITS-2为618bp（T:22.3%、C:27.3%、A:23.5%和G:26.9%）；与魁蚶(Scapharcabroughtonii)、栉孔扇贝(Chlamysfarreri)、美洲牡蛎(Crassostreavirginica)和菲律宾蛤仔(Ruditapesphilippinarum)比较，ITS-1相似性在25.6%-38.1%之间、

6、ITS-2相似性为24.5%-38.9%，说明栉江珧与所选的4种贝类之间的进化关系较远、种间变化很大，ITS序列可用于物种的分类及鉴别。采用通用引物对山东长岛、山东文登、山东日照、广东湛江和海南海口等5个地理群体栉江珧16SrRNA序列进行扩增、测序分析，I上海海洋大学硕士学位论文得到59条441bp的核苷酸序列。其中T、C、A、G和A+T的平均含量分别为29.91%、17.41%、25.74%、26.94%和55.65%，A+T含量高于G+C含量，共检测到了9个单倍型和26个核苷酸多态位点。群体多样性分析表明，文登群体

7、具有较高的遗传多样性水平。AMOVA分析表明，五群体间总遗传分化系数Fst=0.5007(P<0.001)，群体间遗传分化略大于群体内、群体间存在较高的遗传分化。基于群体间遗传距离构建NJ和UPGMA分子进化树，5个地理群体的栉江珧聚为两个支，长岛、文登、日照群体聚为一支，海南和湛江群体聚为另一支。利用通用引物对5个栉江珧野生群体（山东长岛、山东日照、山东文登、广东湛江和海南海口）28SrRNA和COI基因片段进行扩增测序，分别得到983bp和623bp的片段，基于28SrRNA序列分析系统发生的结果表明：栉江珧与Atr

8、inavexillumju具有较近的遗传关系。基于COI基因序列的遗传多样性分析结果显示：文登群体具有最高的遗传多样性水平。AMOVA分析显示，群体遗传分化系数为0.1323(p<0.001)，说明栉江珧遗传变异主要来源于群体内的变异。由28SrRNA和COI基因聚类分析结果推测由于长期的地理隔离珧南北方群体可能早已