油菜（brassica napus l.）est-ssr标记的开发及应用研究

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1、浙江大学硕士学位论文油菜（BrassicanapusL.）EST-SSR标记的开发及应用研究姓名：李小白申请学位级别：硕士专业：生物物理学指导教师：张明龙;崔海瑞20070501摘要数量急剧增加的EST(expressedsequencetags)为分子标记的开发提供了宝贵的资源。与来自于基因组DNA开发的传统标记相比，以EST为基础的分子标记是一种新型分子标记，具有其显著的优势，如开发简便、信息量高和通用性好等，在多方面都有重要的利用价值例如在比较作图、遗传多样性评价及系统发育学等方面的研究。然而，目前在许多物种中此类新型的分子标记尚未得到开发利用。油菜作为重要的油料作物之

2、一，随着分子生物学在作物育种上的应用，在众多研究者的努力下，已有了大量的以基因组为基础的分子标记技术应用于其中，为培育油菜新品种、提高产量、改善品质、增强抗性和遗传研究提供了空前的发展机遇。但目前未有研究者对油菜的EST资源进行开发以及利用。本研究以油菜EST的数据为基础，分析了其中SSR序列的资源，进行了初步实验建立了部分EST-SSR标记，并对这些标记在油菜的遗传背景分析中进行了尝试性地应用。为油菜育种的研究在分子水平上提供了一些信息参考。实验结果如下：(1)从NCBI公共数据库获得63334条油菜EST，通过前处理得到全长为12165．38kb的无冗余ESTl7987条

3、。共在这些序列中搜索出2803个SSR，分布于2443条EST中，出现频率是15．58％。这些EST-SSR的平均长度为18．84bp，平均分布频率是1／4．34kb。二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的类型，二者出现的频率基本相近，占总SSR的近89．05％。AG／CT和AAG／CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型，分别占二、三核苷酸重复的84．04％和35．71％。(2)以2083个EST-SSR为基础进行标记建立，设计了23对SSR引物，通过梯度PCR试验确定了各引物的适宜退火温度，并利用非变性聚丙烯酰胺凝胶银染对这些引物在lO个油菜品种中的扩增情况和多态性进行了检测。有

4、2l对引物显示扩增，引物可用率为91．30％；有12对引物显现出多态性，占可扩增引物的57．14％。证明了根据油菜EST建立SSR标记是有效、可行的。(3)利用这些开发得到的21个油菜EST-SSRs标记检测42个油菜品种(系)的遗传多样性，对其进行了遗传背景分析。共检测到85个等位位点，其中有49个等位变异，V占了总检测位点的57．65％。借助NTSYS软件的聚类方法分析，结果表明：42份材料遗传距离范围为0．0087．0．3190，在遗传距离0．1508下，可把份材料分为5组，基本反映了品种(系)的地源差异，同时为油菜育种的亲本选择提供科学依据。关键词：油菜；EST；ES

5、T-SSR：遗传多样性ABSTRACTExpressedsequencetags，increasedrapidlyinnumberrecently，areimportantresourcesfordevelopmentofmolecularmarkers．ComparedwithcommonmakersderivedfromgenomicDNA，theEST-derivedmakerisanoveltypeofmolecularmakerandhasremarkableadvantages，suchassimplerdevelopment，moreinformation，hi

6、ghlytransferableandSOon，Thesemarkerswereappliedinmanyfields，eg．comparativemapping，geneticdiversityevaluationandphylogeneticanalysiseta1．．Howerver，thereisstillonlyafewofspecieswhoseEST—derivedmakershavebeendevelopedandapplied．BrassicanapusL．，asoneamongthem，isoileofmainoilseedcrops，andthereby

7、,somanymarkershasbeenappliedinrapefornewvarietybreeding，whicharebasedonDNAofgenome，yied,trait，hardinessimprovingandgeneticresearch．But,untilnowthereisnoresearcherwhohasappliedEST-derivedmarkersofrape，evenifdeveloped．ThestudyanalyzedSSRrec01．1seofESTsdata