海洋沉积物中细菌的富集分离与三株拟杆菌新物种的多相分类

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1、厶茹只蓉硕士学位论文：；．2Methods⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．483．2．1Identificationbasedonthephylogeneticanalysis⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯．．483．2．2Identificationofmorphologicalcharacteristics⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯．．513．2．3Identificationofphysiologicalandbiochemicalcharacteristics⋯⋯⋯．．523．2．4Identifica

2、tionofchemotaxonomiccharacteristics⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一543．2．5Culturecollection⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯553．3Resultsandanalysis⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．51；3．3．1ThepolyphasictaxonomyofSaccharicriniscarcharisp．nov．SSl2T．553．3．2ThepolyphasictaxonomyofLabilibactermarinagen．nov．

3、sp．nov．YI1T⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯613．3．3Thepolyphasictaxonomyofraneyeifaniagahaiensisgen．nov．sp．nov．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．⋯．．67：；．4Conclusionofthischapter⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯74Chapter4ThephyiogeneticanalysisofclassBacteroid

4、ia——··proposedanovelordernamedMarinilabilialesord．nov．75Chapter5Conclusionandoutlook⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．815．1Thesuccessionofbacterialflorainenrichmentcultureofmarinesediment5．2ThepolyphasictaxonomyofnovelBacteroidetesstrains⋯．⋯⋯⋯．⋯．．⋯．．．．．．825．3ProposedanovelordernamedMa

5、rinilabilialesord．nov．⋯．⋯．⋯．⋯⋯⋯．⋯．．82References⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．83Acknowledgements⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯93Financialassistance⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯94Academicpaperspublishedandcomposedduringthegraduateperiod⋯⋯95。薹只§硕士学位论文摘要近海海洋沉积物包含丰富的

6、微生物多样性，可能存在很多潜在的新物种资源，有巨大的研究和开发空间。本文建立并完善了实验室的富集分离方法，以采自威海近海的沉积物样品为研究对象进行了富集培养，同时应用传统的纯培养方法和Roche454高通量测序技术，分别对富集过程中培养与免培养细菌群落结构的演替进行了监测，研究了富集不同时间细菌区系的变化，并且探讨了用本文富集培养的方法分离拟杆菌的可行性和有效性。另外，利用该富集分离培养方法分别从鲨鱼腮及其他沉积物样品中分离到了拟杆菌门三株新菌并完成了多相分类，进一步丰富了拟杆菌门细菌的物种资源库。对于富集培养过程中细菌区系的研究，Roche4

7、54FLX高通量测序技术获得的信息远远超过传统的分离培养的方法，二者检测到的富集不同时间样品中的优势菌群也并不完全一致，说明可培养的细菌的数量与种类都不能完全代表样品中的所有物种，但是二者结果都显示，随着富集时间的延长，富集生境中细菌丰富度和多样性都逐渐降低。本文的富集方法不利于d．变形菌纲、1，．变形菌纲、蓝藻门、绿弯菌门细菌的生长，但特别有利于拟杆菌的富集，而且对厚壁菌门、梭杆菌门及一些6．变形菌纲细菌的富集作用也比较明显，可对今后的富集与分离培养提供参考意义。本研究的数据信息提示我们威海近海沉积物中还蕴含着很高丰度的未知微生物资源，有待于

8、进一步地认识和开发，同时，也为更多地分离培养拟杆菌门新物种资源提供了一种行之有效的富集培养方法。从鲨鱼腮分离得到一株海洋细菌，编号为SSl2。16Sr