线虫特异性富含甘氨酸的分泌肽的进化扩增

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1、分类号：密级：UDC：学号：406531813328南昌大学硕士学位研究生学位论文线虫特异性富含甘氨酸的分泌肽的进化扩增EvolutionaryExmpansionofNematode-specificGlycine-richSecretedPeptides乔阳阳培养单位（院、系）：南昌大学基础医学院指导教师姓名、职称：应牡英副教授申请学位的学科门类：理学学科专业名称：生物学论文答辩日期：2016年5月28日答辩委员会主席：殷嫦嫦评阅人：王义华谢小梅2016年5月万方数据学位论文独创性声明一、学位论文独创性声明本人声

2、明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得南昌大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名（手写）：签字日期：年月日二、学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解南昌大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授

3、权南昌大学可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编本学位论文。同时授权北京万方数据股份有限公司和中国学术期刊（光盘版）电子杂志社将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》和《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》中全文发表，并通过网络向社会公众提供信息服务，同意按“章程”规定享受相关权益。学位论文作者签名（手写）：导师签名（手写）：签字日期：年月日签字日期：年月日论文题目线虫特异性富含甘氨酸的分泌肽的进化扩增姓名乔阳阳学号406531813328论文级别博士□硕

4、士□√院/系/所基础医学院专业生物学E_mailQiaoyang09@126.com备注：□公开□保密（向校学位办申请获批准为“保密”，年月后公开）I万方数据摘要摘要富含甘氨酸的蛋白根据总体结构可以分为2类：第一类，由大量富含甘氨酸的蛋白质组成(GRPs,>200AA)，其具有超过200个氨基酸的长度，典型的功能是作为细胞壁的结构组件。第二类，富含少量甘氨酸的分泌肽(GRSPs,<200AA)，结构中包含一个典型的信号肽，紧跟信号肽后有一个成熟的富含甘氨酸的肽段。通过之前研究发现，几乎所有的动物，植物和微生物的基因组

5、中都有丰富的GPRs存在。在秀丽隐杆线虫先天免疫中，GRSPs家族的一些成员已被证明发挥重要的作用，在线虫中GRSPs同样重要。目的：我们对已发表的线虫GRSPs簇家族成员在免疫反应中的作用十分感兴趣，并且我们更有兴趣知道与了解线虫中是否存在更多的GRSPs以及GRSPs如何响应线虫感染这一过程的。GRSPs的全基因组鉴定会提供两线虫整体的GRSPs进化观。而对线虫先天免疫公共转录数据库进行综合分析将会使我们深入了解线虫GRSPs在先天免疫中的作用。方法:1.从UCSC数据库下载线虫C.elegans和C.brigg

6、sae全基因组蛋白序列，用于构建两线虫蛋白序列数据库。2.以先前已报道发现的GRSPsnlp-29，NLP-31，nlp-33，cnc-2，cnc-4和cnc-6作为初始查询对象，应用NCBI中的Blastp与PSI-Blast对这些对象进行分析。运用线虫C.elegans局部蛋白质序列数据库Local-Blastp对线虫GRSPs进行序列分析以鉴定线虫GRSPs。3.以C.elegansGRSPs作为查询对象，应用GenBank基因组数据库对其它8个物种(包括H.sapiens，D.rerio，D.melanoga

7、ster，A.thaliana及D.discoideum)进行查询。4.运用信号肽预测服务器signalP4.0server验证包含信号肽的GRSPs肽段。5.运用NCBI中的基因表达数据库GEO(GeneExpressionOmnibus)与DRASearch数据库(https://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/)中的短片段RNA测序项目(PRJNA33023)。II万方数据摘要6.为了解GRSPs如何系统地对C.elegans感染并检测线虫感染后可能共表达的GRSPs集簇，从NCB

8、I中的GEO数据库下载8个与线虫感染生物芯片定量相关转录组数据库(GSE20053，E-MEXP-696，GSE27867，GSE54212，GSE53732，GSE41058，GSE37266以及GSE2740)。同时，使用GEO数据库中的GEO2R工具对差异表达的目的基因进行分析筛选。7.两线虫GRSPs信号肽序列通过应用EBI数据库中多重