直肠癌新辅助放化疗敏感性相关基因的筛查、验证及应用

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1、万方数据复旦大学硕士学位论文直肠癌新辅助放化疗敏感性相关基因的筛查、验证及应用Screening，ValidationandApplicationofGenesAssociatedwithSensitivitytoNeoadjuvantChemoradiotherapyinRectalCancerPatients研究生姓名：李聪系：肿瘤医院业：肿瘤学号：11211230009师：徐烨教授师组成员：蔡三军教授王志敏副研究员朱骥副教授院专学导万方数据复旦大学硕士学位论文目录中文摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯l英文摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

2、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯3前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯6第一部分直肠癌新辅助放化疗敏感性相关的基因表达谱分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯8材料和方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯8结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一19讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一24结论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．25第二部分候选基因的mRNA表达水平及蛋白表达水平验证⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．

3、26材料和方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯26结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。35讨{仑⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．47结{仓⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．49展望⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯50综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯55附件⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

4、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯64致谢⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯65万方数据复旦大学硕士学位论文中文摘要直肠癌新辅助放化疗敏感性相关基因的筛查、验证及应用目的：应用基因芯片技术在组织样本中初步筛选与直肠癌新辅助放化疗敏感性相关的基因，并通过荧光定量PCR和免疫组织化学分别在mRNA水平和蛋白水平进一步验证候选基因，从而发现在直肠癌新辅助放化疗敏感性预测方面有价值的预测因子。方法：第一部分：收集直肠癌患者新辅助放化疗前的活检组织样本共16例，按照术后病理分期将其分为病理完全缓解组(pCR组)和未达病理完全缓解组(npCR组)

5、，每组8例。采用HumanGenomeGeneChipplusU1332．0Array芯片进行基因表达谱分析。使用SignificanceAnalysisofMicroarrays(SAM)筛选pCR组和npCR组之间的差异表达基因，确定候选基因；利用DAVIDBioinformaticsResources6．7进行KEGG通路分析和GO生物学功能分析。第二部分：收集另一批直肠癌患者新辅助放化疗前的活检组织样本共95例，按照术后病理分期将其分为两组，其中pCR组27例，npCR组68例。选取其中63例样本，应用荧光定量PCR对候选基因的mRNA表达水平进行验证；选取其中52例样本，应

6、用免疫组织化学方法对荧光定量PCR验证有差异的候选基因进行蛋白表达水平的验证。使用SPSS19．0对数据进行统计学分析。结果：第一部分：通过全基因组表达谱芯片分析，我们得到在pCR组和npCR组之间的表达有差异的839个基因，其中362个基因在表达下调，477个基因表达上调。KEGG通路的分析结果显示，差异表达的基因主要与9个基因通路密切相关，包括免疫相关通路如抗原处理与提呈，代谢相关通路如胰岛素通路以及核糖体相关通路。GO分析的结果显示，差异表达基因主要与95个生物学反应过程相关，包括翻译、免疫应答、凋亡、蛋白运输、炎性反应等。通过进一步限定P值(尸

7、e值(FC<0．5或FC>2)，我们得到7个候选的差异表达基因，分别为CHFR、CXCLl0、CXCL9、GBPI、HOXB8、HPGD和PLA2G7。第二部分：对荧光定量PCR的结果分析发现，CHFR、CXCL9、HOXB8、HPGD和万方数据复旦大学硕士学位论文中文摘要PLA2G7mRNA的平均表达水平在pCR组和npCR组之问的差异没有统计学意义(P>0．0S)，CXCLl0和GBPlmRNA的平均表达水平在pCR组和npCR组之间差异具有统计学意义