ssr标记背景知识

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1、额可获得信息：SSR基因定义，分类，常见的重复单元种类；SSR标记的原理及应用领域（定制化）；在动植物基因组中的分布情况；SSR引物来源；传统SSR分子标记分析技术路线（要与高通量的技术路线对比，找出高通量的优势）；SSR简单序列重复（simplesequencerepeat）SSR的产生是在DNA复制或修复过程中DNA滑动和错配或者有丝分裂、减数分裂姐妹染色单体不均等交换的结果。原理：微卫星的突变率在不同物种、在同一物种的不同位点和同一位点的不同等位基因间存在很大差异。但尽管它们分布于基因组的位置不同，但其两端序列多是保守的单拷贝序列，因而可以根据这两端的序列设计一对特

2、意引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用电泳分析技术就可获得其长度多态性。显然，在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序【为什么要用二代测序技术进行物种SSR标记分析】。　评论

3、22012-05-0911:45fmy029

4、三级简单重复序列(SimpleSequenceRepeat，SSR)　　简单重复序(SSR)也称微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1一6bp，其中最常见是双核苷酸重复，即(CA)n和(TG)n每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数

5、目10一60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR扩增，揭示其多态性。　　SSR具有以下一些优点：(l)一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；(2)微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；(3)所需DNA量少【进行SS

6、R分子标记研究的优点】。SSR的分类　　根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：　　完全型(perfect)。指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT　　不完全型(imperfect)。指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3。如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT　　复合型(compound)。指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种

7、连续性的核心序列重复数不少于5。如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA　　3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。　　SSR在植物基因组中的分布　1.SSR广泛分布于各种真核生物的基因组中，大约每隔10～50kb就存在一个SSR。2.哺乳动物中的SSR的数量大约为植物中的5～6倍。在植物中，平均23.3kb就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物，前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb，后者为64.6kb；3.核DNA中的SSR数量多于细胞质DNA中的SSR，绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区（最常

8、见），3碱基重复型多位于编码区。微卫星的利用价值　　由于核心序列重复数的不同，等位的SSR位点可呈现出多态性（SSLP，simplesequencelengthpolymorphism）。大多表现为共显性遗传，有的表现为显性遗传。由于SSRDNA两侧序列（离开20bp以上）表现出保守特征，所以可设计出上下游PCR引物，扩增出包含SSR的DNA序列。原理微卫星分析应用（定制化信息分析内容）常用于：遗传图谱构建；种质鉴定；遗传多样性分析；标记辅助选择（MAS，marker-assistantseletion，marker-aidedseletion）；基因定位；数量性状基因座

9、（QTL）分析；系谱分析；亲源关系鉴定等。　　SSR引物的来源　　1.借鉴其他近缘种序列。　　2.通过筛选文库、二代测序开发自己的SSR引物。　　3.通过核酸数据库查询，从已有序列中搜寻包括SSR的序列并设计引物。　　传统SSR分析实验的主要技术环节　　提取DNA；PCR扩增；电泳及显色；电泳胶板带型的照相、记录；数据分析处理。　　其中，PCR产物分离的电泳方法主要有：高浓度琼脂糖电泳（4%胶只能分辨4-6bp差异）；变性聚丙烯酰胺序列胶电泳；非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。　　由于扩增的片段短(一般小于300bp)，基因间的差异小