最新SSR分子标记.ppt.ppt

《最新SSR分子标记.ppt.ppt》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、SSR分子标记胡玉龙M110107260__________________________________________________SSR标记的简介及原理SSR标记的步骤及分析SSR标记引物设计SSR分子标记123__________________________________________________SSR（simplesequencerepeat）SSR标记简单重复序列（SimpleSequenceRepeat，SSR），指的是基因组中由1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下

2、。SSR标记是一种通过直接分析遗传物质的多态性来鉴别生物内在的核苷酸排布及其外在状态表现规律的技术。SSR标记的简介__________________________________________________SSR分子标记的分子学基础微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展了SSR标记

3、。__________________________________________________SSR分子标记原理根据两端序列的保守性，设计引物；进行PCR，电泳分离，染色显带以检测、分析微卫星序列多态性；并确定基因排布序列及表型，最终达到成功鉴定的目的。简而言之，就是通过对样本DNA多态性的分析，从而来得到样本DNA序列以及在遗传性状上的调控和差异。__________________________________________________SSR标记原理示意图_____________________________________________

4、_____SSR分子标记的优势SSR在真核生物基因组中分布广多态性丰富其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨率高、遗传信息量大SSR通常为共显性标记，呈孟德尔式遗传具有很好的稳定性和多态性DNA用量少PCR扩增的可重复性高__________________________________________________SSR分子标记的劣势开发和合成新的SSR引物投入高、难度大现有的SSR标记数量有限，不能标记所有的功能基因SSR多态性的检测和应用很大程度上依赖PCR扩增的效果SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感相对比较费时等等。_________________

5、_________________________________SSR分子标记的步骤第一步：DNA提取：提取DNA并用0.8%琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。第二步：PCR:PCR体系：模板DNA引物氯化镁4种dNTP混合物PCR缓冲液TaqDNA聚合酶PCR反应程序：变性94℃→复性（或退火）50-62℃→延伸72℃，一般30-35个循环__________________________________________________SSR分子标记的步骤第三步：琼脂糖电泳检测扩增质量（1%-2%琼脂糖凝胶）；扩增产物电泳分离：一般用8%变性聚丙烯凝胶电泳检测扩

6、增产物第四步：染色（多采用银染法）：A.银染液的配制：固定液(100mL冰乙酸加水稀释至1000mL)；染色液(1.3gAgNO3、1．5mL37％甲醛，加水稀释至1000mL)；显色液(30gNa2CO3、1．5mL37％甲醛0．2mL20mg/mlNa2S203，加水稀释至1000mL)；终止液(10％冰乙酸)。__________________________________________________SSR分子标记的步骤B.银染法操作：固定30min→去离子水洗涤30s，2次→染色30min→去离子水洗涤2次(每次不超过30S)→显色至所要程度→去离

7、子水洗30s终止显影。__________________________________________________SSR分子标记的步骤第五步：结果分析图1为一对引物对多对玉米亲本SSR电泳图____________________________________________________________________________________________________引物设计二三一从有关数据库（GenBank,EMBLDDBJ等）或文章中查询使用近缘种的引物构建基因组文库,筛选SSR位点SSR分子标记引物设计______________

8、_____