我国鳑鮍亚科鱼类遗传多样性及系统发育研究

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1、河南师范大学硕士学位论文我国鳑鮍亚科鱼类遗传多样性及系统发育研究姓名：陈欣申请学位级别：硕士专业：水生生物学指导教师：杨太有201105摘要本研究利用ISSR和线粒体DNACytb基因作为分子标记，分别对中华螃皴、高体鲭皱和斑条刺鲭觖3个种群遗传多样性和我国鲂皴亚科的系统发育进行了分析。遗传多样性运用Popgene软件，对其遗传多样性参数进行分析；系统发育运用MEGA4．0软件，分别采用NJ法、MP法和ME法重建鲚皴亚科鱼类的分子系统发育树。主要研究结果如下：(1)利用ISSR标记技术，分别分析了中华鲚皴、高体鲭皱和斑条刺鳞皴3个自然群体内的遗传多

2、样性及群体间的差异。利用lO个ISSR引物对3个群体共150个个体的基因组DNA进行PCR扩增，共检测到90个重复性好且谱带清晰的位点，片段大小在200．2000bp之间，其中多态位点51个，多态性比例为56．67％。利用Popgene软件分析3个鲭皴群体内的多态位点比例(PP口)、观测等位基因数(№)、有效等位基因数(肫)、Nei’S基因多样度(J11)、Shannon’S信息指数(D和遗传距离(D)分别在51．14％一53．93％、1．3229．1．4375、1．1877．1．2446、O．1081．0．1435、0．2163~o．1616、0

3、．0652～0．0923之间，各群体所有遗传多样性指标综合显示，3个群体的遗传多样性水平均较高，依次为：斑条刺螃皴>高体鲭皱>中华鲭皱。基于Nei’S基因多样性计算鲭皱群体间遗传分化系数Gst为0．3519，说明有35．19％的遗传变异来源于群体间，有64．81％来源于群体内，由Gst计算的种群间基因流(№)为0．9209，说明基因流水平低。根据Nei的公式计算群体间的无偏遗传距离(D)，结果显示，中华螃皴群体与高体鲭鲅群体遗传距离最小(O．1332)，高体鲭皴群体和斑条刺鲭皴群体的遗传距离最大(O．1860)。NJ聚类显示，中华鲭皴群体和高体鲭鲛

4、群体间的亲缘关系最近，最先聚在一起，然后与斑条刺鲭皴群体聚在一起。(2)通过PCR扩增、测序等方法获得了中华鲭】《皮和高体鲭皱的线粒体DNACytb基因全序列(1141bp)，并从GenBank中下载的鲭皴亚科鲡属4种鱼的细胞色素b基因序列(1140bp)，在同源的1140bpCytb基因序列中，没有发现碱基的插入和缺失，其中T、C、A和G碱基平均含量分别为30．1％、26．7％、28．2％、15．0％，显示G碱基相对缺乏，其中A+T的含量(58．3％)高于G+C的含量(41．7％)，在三联密码子中碱基组成有很大的变化，在密码子的第一位中四种碱基频

5、率相近，但第二位中T碱基的频率高达41．2％，在第三位中，A碱基的频率达到39．9％，但G碱基只有5．9％，表现出很明显的碱基偏倚。转换与颠换的比值为2．5，序列中的转换明显多于颠换，说明这些序列没有达到突变饱和。3种聚类方法构建的分子系统树的拓扑结构基本一致，将大鳍螭、短须鳊、越南鳊与中华鲭皴和高体鲭鱼皮聚在一起，兴凯鳊与外类群聚为一支。两种分子标记进行聚类都显示出中华鲭皴与高体鲭皱聚在一起，且遗传距离较近，表明其亲缘关系较近。本研究支持林人端的观点，中华鲭皴是高体鲭皴的同物异名。关键词：ISSR，遗传多样性，细胞色素b，螃皴亚科，系统发育nAB

6、STRACTInthisstudy,ISSR(InterSimpleSequenceRepeat)andmitochondrionDNACytochromebgeneisappliedtoinvestigatethegeneticdiversityandMolecularphylogeneticrelationshipofthreepopulationsofR．sinensis，R．ocellatusandA．taenianalis．GeneticdiversityandPhylogenetictreesareconstructedwithPopg

7、enesoftwareandNJ、MP、MEmethodofMEGA4．0software．Themainresultsareasfollows：(1)ISSRmolecularmarkerisusedtodetectthegeneticdiversitiesofthreewildintra-populationandinter-populationofR．smens豇，R．ocellatusandA．taenianalis．10ISSRprimersarescreenedtoamplify150individualsbelongingtothre

8、epopulations．Atotalof90reproducibleDNAfragmentsrangingfrom200