基于isc-svr方法预测th细胞表位

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1、硕士学位论文基于ISC-SVR方法预测Th细胞表位PredictionofThCellEpitopesBasedonISC—SVRMethod作者姓名：学科、专业：学指导号：教师：21002070塞4堡完成日期：呈Q!曼二墨大连理工大学DalianUniversityofTechnology大连理工大学学位论文独创性声明作者郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下进行研究工作所取得的成果。尽我所知，除文中已经注明引用内容和致谢的地方外，本论文不包含其他个人或集体已经发表的研究成果，也不包含其他已申请学位或其他用途使

2、用过的成果。与我一同工作的同志对本研究所做的贡献均已在论文中做了明确的说明并表示了谢意。若有不实之处，本人愿意承担相关法律责任。学位论文题目：作者签名：S鳊宁日期：2皇i墨年上月且日大连理工大学硕士学位论文摘要外源性抗原蛋白被抗原提呈细胞(APC)摄取送入溶酶体中被降解为长度不一的肽段。在HLA．DM分子辅助下，MHCII类分子相关恒定链多肽(CLIP)从MHCII类分子的肽结合槽解离，使得外源性抗原降解的肽段进入MHCII类分子空的肽结合槽中，形成稳定的抗原肽一MHCII类分子复合物。之后再被提呈到APC细胞表面供CD4

3、+Th细胞的TCR识别，激活Th细胞分泌细胞因子，促进CTL细胞特异性杀伤靶细胞或辅助B细胞产生抗体。Th细胞的活化对机体的细胞免疫和体液免疫功能都有重要的辅助作用。本文基于迭代自洽策略与支持向量回归机(ISC．SVR)方法建立了MHCII类分子与外源性抗原肽结合亲合力预测模型，采用13mer扩展核心结合序列可以提高预测模型的性能，分别按照均值法、最大值法、结合法、加权平均值法4种方法计算MHCII类分子与抗原肽的结合亲合力值。本文对17种MHCII类分子配型进行了回归分析，与其他预测模型相比较，本文模型都得到了最佳AUC

4、值。最后，以HLADRBI*0101分子为例，分析讨论了MHCII类分子与抗原肽的结合特异性。关键词：T细胞；表位；外源性抗原；MHCII类分子；支持向量回归机基于ISC．SVR方法预测Th细胞表位PredictionofThcellEpitopesBasedonISC—SVRMethodAbstractExogenousantigenproteinsareabsorbedbyantigenpresentingcells(APC)andtranslatedintolysosomeinwhichmeyaredegradedi

5、ntoshortpeptideswithdifferentlength．AfragmentcalledclassII-associatedinvariantchainpeptide(CLIP)lodgesinthepeptide-bindinggrooveaftertheIichainisprogressivelydegradedbylysosomalproteases．WiththehelpofHLA—DMmolecule．CLIPiSremovedfromthebindinggrooveofMHCclassIImole

6、cule，whichmakesthedegradedpeptidesenterintotheemptybindinggroovetoformsteadypeptide-MHCclassIIcomplexes．Thepeptide·MHCclassIIcomplexesareultimatelytraffickedtothecellsurfacetoberecognizedbyCD4+Tcellsurfacereceptor(TCR)．ThisprocessCanactivateThcellstosecretecellfac

7、torsthatpromoteCTLcellstokilltargetcellsspecificallyorassistBcellstomakeantibodyagainstbacteria．ActivationofThcellshasimportantsupplementaryeffectonthecellularimmunityandhumoralimmunityfunction．Inthispaper，thesupportvectorregressionmethodcombinedwitlliterativeself

8、-consistentstrategy(ISC—SVR)wereusedtobuildthemodelstopredictaffinitiesofexogenousantigenpeptidesbindingtoMHCclassIImolecules．Inordertoimprovethepredict