利用ion torren测序平台和生物信息学分析几株细菌和病毒基因组

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1、万方数据目录军事医学科学院研究生学位论文独创性声明秉承军事医学科学院严谨的学风和科研作风，本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下独立进行的研究工作和取得的研究成果，除了文中特别加以标注和致谢之处外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得芏圭匡茎盘堂建或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。论文作者签字：签字日期：巡年j月乒目军事医学科学院保护知识产权声明本学位论文作者完全了解星主匡堂盘堂堕对研究生在学

2、其间撰写的论文知识产权保护的相关规定。本人撰写的论文是在导师具体指导下，并得到相关研究经费支持下完成的，其数据和研究成果归属于导师和作者本人，知识产权单位属星主匡堂盘堂堕。本人保证毕业后，以本论文数据和资料发表论文或使用论文工作成果时署名第一单位仍然为星主匡鲎盘堂瞳。星主匡生盘堂瞳有权保留学位论文及其电子版，公布论文的全部或部分内容，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文、汇编以供查阌和借阅。(保密学位论文在解密后适用本声明)论文作者签字：指导教师签字：签字日期：乏竺年—』月立二日签字嗍：衅上月弘踢一加纽

3、铆万方数据目录目录缩略词表⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯1摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯2Abs仃act⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．6前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．11第一章采用高通量测序技术分析病毒基因组末端序列特点⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯121．1前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯121．1．1病毒和噬菡体简介⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

4、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．121．1．2病毒和噬菌体的组装⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．121．1．3病毒和噬菌体基因组末端类型⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．141．1．4病毒和噬菌体基因组DNA与蛋白组装⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．141．1．5本研究内容⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．151'2材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯171．2．1实验材料⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯171．2．2实验方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

5、⋯191_3结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．241．3．1高通量测序中的高频序列即是病毒基因组的末端序列⋯⋯⋯⋯．241．3．2噬菌体T3基因组重测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．261．3．3N4类噬菌体具有独特的基因组末端⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯271．3．4T4类噬菌体末端酶以序列倾向性的方式对基因组进行切割⋯⋯291．3．5利用NGS获得的噬菌体基因组末端特征⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．351．4讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

6、⋯⋯43第二章虹彩病毒AMIV的分离、鉴定及全基因组测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯472．1引言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯472．2材料和方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯482．1．1微小按蚊的收集、分类和冻存⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．482．1．2病毒AMⅣ分离⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯482．1．3病毒AMIV扩大培养、病理过程观察⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯482．1．4透射电子显微镜观察AMIV病毒颗粒形态⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯492．1．5病毒

7、AMIV核酸提取⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯492．1．6高通量测序和生物信息学分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．502．3结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯50万方数据目录2．2．1病毒AMIV的shotgun测序与matepair测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯502，2．2AMIV的全基因组组装⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。5l2．2．3病毒AMIV同源性分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯512．2．4病毒AMIV全基因组图谱与比较基因组分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯522．2．

8、5病毒AMlV形态的电镜观察⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯532．2．6病毒AMIV进化分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯542．2．7病毒AMⅣ致细胞病变⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯552．2．8病毒AMIV存在末端冗余序列(TR)⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一562．2．9病毒AMIV基因组重复序列分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯572．2。10病毒AMIV快速复制机制假设⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．582