基于线粒体基因组探讨鲸偶蹄类七种动物的系统发育关系

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1、维普资讯http://www.cqvip.com动物学研究2003，Oct．24【5)：331336CN53—-1040／QISSN0254—-5853zootogiealResearch基于线粒体基因组探讨鲸偶蹄类七种动物的系统发育关系施燕峰，单祥年I'，一，李健，张海军，郑爱玲(1．东南大学医学院遗传中心，江苏南京210009；2．南京师范大学生命科学学院，江苏南京210097)摘要：利用作者已测定的赤麂(Muntiacusmuntjak)线粒体全基因组序列和从GenBank检索到的鲸偶蹄类有代表性的长须鲸

2、、河马、奶牛、绵羊、猪、羊驼6种动物的线粒体全基因组序列，按顺序分别连接各自的13个蛋白编码基因、13个氨基酸序列、2个rRNA基因和22个tRNA基因成一个氨基酸序列或核苷酸序列，用DNASTAR软件统计碱基长度和组成；分析奶牛、绵羊和赤麂两两之间蛋白编码基因的序列差异；用MEGA计算7种动物12S和16SrRNA基因的遗传距离；基于连接在一起的13个蛋白编码基因的氨基酸序列，用NJ法构建系统关系树。结果显示：①偶蹄目反刍亚目牛科的绵羊和同亚目鹿科的赤麂先聚为一亚支，然后与该亚目牛科的奶牛并为一支；猪形亚目猪

3、科的猪和胼足亚目驼科的羊驼并为一支；鲸目须鲸亚目须鲸科的长须鲸和偶蹄目猪形亚目河马科的河马并为一支。②赤麂与绵羊的亲缘关系更近。③推测赤麂与绵羊和奶牛的分歧时间分别约在14．7和16．0百万年前。关键词：赤麂；鲸偶蹄类；线粒体；基因组；系统发育中图分类号：Q959．8文献标识码：A文章编号：0254—5s53(20o3)05—0331—06PhylogeneticRelationshipsofSevenCetartiodactylaSpeciesInferredfromMitochondrialGenomeSH

4、IYan—feng，SHANXiang—nian，，，LIJian，ZHANGHal—jun，ZHENGAi—ling(1．GeneticsResearchCenter，MedwalSchool，SoutheastUniversity，Na,6,,g210009，Ch／na；2．Collegeof&，NanjingNortrmlUnlverslty，^耐210097，Ch／na)Abstract：Usingthemitochondrialgenomesofthemuntjak(Cervidae：Muntiacu

5、s)sequencedbyOUrlab．and6otherspeciesofCetartiodactylaobtainedfromtheGenBank，wecalculatedthesequencelengthsandbasecompositionsoftheirindividualconcatenatedsequencesof13aminoacidsequences，13protein-codinggenes，2rRNAgenes，22tRNAgenesandcontrolregion．Sequencedif

6、erencesofprotein—codinggenesbetweencow／shep，shep／muntjakandmuntjak／COWwereanalysedandgeneticdistancesoftheconcatenated12SrRNAand16SrRNAgenesamongthe7CetartiodactylaspecieswerecalculatedwithMEGA．Basedonthecontatenatedsequencesof13inferredaminoacid呵uenoesofpro

7、tein-codinggenes，weconstructedthephylogenetictrewithNeighbor-joiningmethod，anddiscussedtheirphylogeneticrela—tionships．Ourresultsshow：~tho~speciesaredividedinto3cladeswhichareamuntjak—shep-cowclade，apig—al—pacacladeandahippopotamus—whaleclade；sheepandmuntjak

8、arefirstsroupedintoonebranchandthenCOWisaddedtothem；~thereisacloserrelationshipbetwenmuntjakandshepthanthatbetweeenmuntjakandcow；③thediver—gencebetwenthemuntjakandsheplineagesoccurredat14．7milli