dicer在结肠癌细胞中对cis--nats的表达调节作用

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1、万方数据论文题目：Qi盟￡在结肠痘细胞虫牡茧l曼：趟△I墨尥麦达调苴生盥答辩委员会主席：毯晓越塾援答辩委员会成员：鲁逝盛硒宜旦筮云丑熬援万方数据温州医科大学硕士学位论文目录lIlllllllIIIIIIIIIIIIIIIIII『Y3119813缩略词袁⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯．．⋯⋯．2摘要⋯．．．．．．．．⋯．．⋯⋯⋯．⋯．．．．．．．．．⋯．．．⋯．．．．．．3Absttact．．．⋯．．．．．．．．．．．．⋯．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5前言⋯．．⋯⋯．．．．．．．．．．．．．．．．．⋯．．．．⋯．．．．．．．．．．．．．．．7材料与方法．．．⋯．

2、．．．⋯⋯⋯⋯．．⋯．．⋯⋯．．．．．．．．⋯11实验结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯23分析和讨论．．．⋯．．．．⋯．⋯．．．．．．．．．．．⋯．⋯．．．．．．．．．．．33参考文献．．．⋯．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．⋯⋯．．．．．．．．．．．35附录．．．．．⋯．．．．．．．．．．．．．．⋯．．．．．．．．．．．．．．⋯．．．．．．．．．．40致谢．．．．．⋯．．．．．．．．⋯⋯．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．⋯．47综述及参考文献．．．．．．⋯．．．．．．．．．．．．．．⋯．．．．．．．．．．．．⋯．48学位论文独创性声明．．．．．．

3、．．．．．．．．．⋯⋯．．．．．．．．．⋯．．．．．57关于学位论文使用授权声明．．．．⋯⋯．．⋯．．．⋯．．．⋯．．．．．57万方数据温州医科大学硕士学位论文缩略词表缩写英文全称中文全称CRCColorectalcarcinoma结直肠癌COADREADNATsColonadenocarcinomaRectumadenocarcinomaNaturalantisensetranscriptsCis-NATsCiS-naturalantisensetranscriptSdsRNATCGANGSDoublestrandRNATheCancerGenomeAtlasNext—generat

4、ionsequencingssRNA——seqStrand——specificRNA——seqsRNA——seqSmal1RNA——seqPESEncRNAlncRNAsRNAESTKEGGHRDDGPaired—endsequencingSingle—endsequencingNon—codingRNALongnoncodingRNASmallRNAExpressedSequenceTag结肠腺癌直肠腺癌自然反义转录物顺式自然反义转录物双链RNA癌症基因组数据库二代测序技术链特异性转录组测序小RNA测序双端测序单端测序非编码RNA长链非编码RNA小RNA表达序列标签KyotoEncy

5、clopediaofGenesand京都基因与基因组百GenomeSHazardratio科全书风险比Data—DrivenGroupingapproach数据驱动分组方法2万方数据温州医科大学硕士学位论文Dicer'在结肠癌细胞中对cis--NMs的表达调节作用摘要背景自然反义转录物(NATS)是排除掉人为干扰的情况下，能够在生物体内自然生成的反义RNA。这一类RNA通过碱基互补的方式与其对应的RNA形成有义．反义转录物。有义链和反义链由来源于基因组上相同位点的不同链转录得到的NAl-s，称为顺式NAT(cis．NATs)。多项研究表明，cis．NAl_s能够通过转录激活或沉默机制来

6、促进或者抑制其有义链基因的表达、稳定、可变剪接和转录后调节。但对于cis．NA-rS的研究由于研究方法的局限性，包括低精度和低通量，使得大量低表达水平的反义基因没有被检测到，同时反义转录本在癌症中的的发现和定量也受到样本数据集偏少的局限。而转录组测序分析方法由于其通量高、准确性高、运行成本低等优点，能够很好的解决低表达基因难以被检测到的问题。Dicer是RNase川家族中能够特异识别双链RNA的一种核糖核酸内切酶。已有研究表明Dicer能够限制有害的内源双链RNA在细胞内的积累。目的通过构建抑制Dicer基因表达的克隆细胞，研究Dicer对cis—NATs的表达调节作用。基于大量结直肠

7、癌组织样本的基因表达谱数据，分析ois．NAlTS在结直肠癌中的表达特性，以及cis-N芦瓜基因对结直肠癌病人的影响。方法本文对分别转染了shDicerl和shCon2的HCTl16的两个克隆细胞D1和CON2进行链特异性转录组测序(ssRNA-seq)和小RNA测序(sRNA．seq)，并对测序产生的数据，采用基于生物信息学的分析方法进行分析。分析在抑制Dicer基因的表达后，对cis．NATs基因表达变化的影响以及对双链重叠区域小RNA表达