草果遗传多样性分析及其混淆品的its序列差异比较研究

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1、云南中医学院硕士学位论文草果遗传多样性分析及其混淆品的ITS序列差异比较研究姓名：严美荣申请学位级别：硕士专业：中药学指导教师：杨耀文；钱子刚201205中文摘要草果遗传多样性分析及其混淆品的lTs序列差异比较研究研究生：严美荣导师：杨耀文副教授钱子刚教授目的：草果AmomumtsaokoCrevostetLemaire为姜科豆蔻属多年生草本植物，果实为常用中药材。对草果SSR分子标记进行研究，获得草果SSR多态性引物和遗传多样性信息，为草果优良种源的筛选奠定基础；探寻草果与拟草果分子鉴别方法，为草果及其混淆品的分子鉴别奠定基础。方法：(1)利用磁珠富集法对草果基因组中的微卫星序列进行

2、筛选分离，构建草果微卫星富集文库，得到草果微卫星序列，运用PrimerPrimer5．0软件进行分析设计引物，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物多态性，最后选取多态性引物对草果进行遗传多样性分析(2)利用ITS分子标记对草果和混淆品拟草果A．paratsaokoS．Q．TongetY．M．Xia进行ITS分析，根据测’序结果用生物信息学软件(CExpress)进行序列比对，用MEGA软件将CExpress产生的比对结果以邻近法(NeighborJoining)模型生成系统树，揭示两者遗传结构的差异。结果：(1)用开发出来的7对SSR引物对草果5个居群35个体进行遗传多样性分析，在物种水平上

3、，7对SSR多态性引物共检测到15个等位基因，基于15个等位基因获得的遗传多样性的结果显示：观测杂合度(Ho)的变化范围为0．0000～0．4000，平均值为O．3020；期望杂合度的值(He)变化范围为0．2273～0．6704，平均值为0．3936；Shannon多样性指数变化范围为0．3837～1．0895，平均值为O．6012，Nei遗传多样性指数平均值为0．3879。(2)对草果及拟草果共12个植株进行的ITS分析，草果及拟草果明显分为了两支，遗传结构表现出了极大的差异。结论：草果群体中存在的遗传多样性不高；ITS序列分析能够准确地将草果与拟草果区分开来，为草果及其混淆品的药

4、材鉴别奠定了基础。关键词：草果、SSR、拟草果、ITS草果遗传多样性分析及其混淆品的ITS序列差异比较研究‘TheanalysisofgeneticdiversityofAmomumtsaoko(Zingiberaceae)andthemolecularidentificationbetweenA．豳aokoanditsrelatedplant似．paratsaoko)YanmeirongDirectedbyViceprofessoryangyaowenandprofessorQianzigangAbs仃actObjective：Amomum。tsaokoCrevostetLemair

5、eisaperennialherbaceousplant，whichfruitswerecapsulesandwasaverycommonmateriamedicainChina．BySSRmolecularmarkers，togettheSSRpolymorphismofprimersofA．tsaoko，andtoacquiretheinformationonthegeneticdiversityofA．tsaoko，whichlaidthefoundationforselectionfinevarietiesofA．tsaoko．ByITSanalysistosearchthem

6、olecularidentificationbeweenA．tsaokoanditsrelatedplant“．paratsaoko)，whichlaidthefoUndationforthemolecularidentificationofitsmateriamedica．Methods：(1)Microsatellite-markers(simplesequencerepeats，SSRs)werewidelyusedinpopulationgeneticanalysisandgeneticmappingduetothehighvariabilitycausedbychangesi

7、ntheirrepeatnumbers．ThegenomicmicrosatelliteinA．tsaokowasisolatedbymagneticbeadsenrichment，buildingthelibraryofmicrosatelliteofA．tsaoko，andgettingthemicrosatellitesequenceofA．tsaoko，analysinganddesigningprimerbyPrimer5．0，the