基于microrna-mrna配对表达谱进行联合分析的方法学进展

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1、基于microRNA-mRNA配对表达谱进行联合分析的方法学进展赵路阳张康顾成磊叶明侠范文生韩为东孟元解放军总医院妇产科北京华信医院妇产科解放军第309医院妇产科解放军总医院基础研究所摘要：microRNA(miRNA)是一类内源性非编码小RNA,主要通过降解靶基因或抑制靶基因的翻译而调控表达。由于其作用机制复杂，目前尚未发现高效而低成本的靶标定位方法。近年来，基于碱基互补配对原理的计算机预测法被广为应用，但此方法假阳性高，不同算法所得结果差界大，会误导和干扰下游的功能学实验。因此，有研究者提出结合样木配对mRNA表达量来进一步定位靶基因，明确m

2、iRNA-mRNA相互作用方式，这种联合分析的方法受到了普遍认可。本文冋顾了近年来基于miRNA-mRNA配对表达谱进行联合分析的方法学进展，并简要分析各类方法的应用范围和优缺点，为后续研究者选择方法提供参考。关键词：microRNA;microRNA靶标预测;microRNA-mRNA相互作用;联合分析;作者简介：赵路阳(1988-)，女，博士研究生，(E-mail)zlynfyd@163.com作者简介：孟元光，(E-mail)mcng6512@vip.sina..com收稿日期:2016-12-22基金：国家自然科学基金面上项目(81571

3、411)ProgressintheIntegrativeAnalysisofmicroRNAandmRNAExpressionDataZHAOLu-YangZHANGKangGUCheng-LeiYEMing-XiaFANWen-ShengHANWei-DongMENGYuan-GuangDepartmentofGynecologyandObstetties,ChinesePLAGeneralHopsitai;DepartmentofGynecologyandObstetrics,BeijingHuaxinHospital;Instituteof

4、BasicMedicine,ChinesePLAGeneralHopsital;Abstract：microRNAs(miRNAs)areendogenousnon-codingsmallRNAsthatinteractwiththeirmRNAsbydegradingorinhibitingtranslationofthetargets.Uptodate,thereisstillnolow-costandeffectivemiRNAtargetscreeningmethodbecausetheregulatorymechanismsarecom

5、plex.Inrecentyears,someinvestigatorsbuiltseveralcomputationalmethodsbasedonsequencecomplementarity^ofthemiRNAandthemRNAs.However,theresultsarevariousoutofdifferentalgorithmsandhavehugerateoffalsepositives,whichcausedgreattroublesindownstreamexperiments.Therefore,methodsofusin

6、gtheexpressionvaluesofmiRNAsandmRNAstorefinetheresuItshasbeenproposed,whichhaveshowntoeffeetivclyidentifyingthemostprominentinteractions.Here,wesummarizedthesemethodsthatcombiningbothmiRNAexpressionvaluesandmRXAexpressionvaluesandtopredictmiRNAtargets,outlinedtheadvantagesand

7、disadvantagesofdifferentmethods,andprovideddirectionsforfutureinvestigation.Keyword：microRNA;microRNAtargetprediction;microRNA-mRNAintegration;integrativeanalysis;Received：2016-12-22microRNA(miRNA)是一类长19〜22nt的内源性非编码小RNA,主要在翻译水平负调控靶基因的表达山。绝大多数miRNA的编码基因首先在RNA聚合酶II的作用下形成初级茎环结构，

8、随后在Drosha的作用下形成发夹状的前体miRNA,再由Dicer剪切成为双链miRNA并整合入RNA诱导沉默复合体中。miRNA的5