日本七鳃鳗（lampetra+japonica）肝脏ests分析与比较转录组研究

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1、日本七鳃鳗(

2、已口，印e加励良_口)肝脏ESTs分析与比较转录组研究获得对生物体生长发育、繁殖分化、遗传变异、衰老死亡等一系列生命过程认识的技术【61。EST技术也是cDNA芯片技术的基础，将在执行EST计划中所获得的序列点制成芯片，则成为研究基因功能的强大平台。在后基因组时代，EST技术和基因芯片技术作为最为重要的平台将显示出更加重要的作用【71。＼o一一R吖e6t咖scriptase-_-______-_____________·__·__________·___·_·__-·___一^jJ0k^●_·^-一一、-一一、_，’-—、一一、一一、一，、，、一一～●—一

3、＼＼15。"postaIg?gne_lerread辩k．mPr。g。lhc器cD蝴NⅥAtvsd岍／么崦。删唧“吣图1-1EST测序原理Fig．1-1ESTSequencingprinciple1．2EST分析常用数据库l。DN舢J数据库是一切生物信息学工作的出发点。从数据库的种类来看，核酸和蛋白质序列数据库是最基本的数据库。目前较为常用的核酸序列数据库有：美国国家信息中心的GenBank(http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／GenbanMndex．html)o驯，欧洲分子生物学实验室的EMBL(http：／／www．ebi．ac．uk／embl／)

4、【引，日本国家数据库DDBJ(http：／／www．ddbj．n嘻ac．jp)[10J，在他们中均含有EST子数据库dbEST。这三个数据库收录了有关动物、植物、微生物的所有EST数据，范围最广并完2日本七鳃鳗(1已册妒曲谊豇M加)肝脏ESTs分析与比较转录组研究全向公众开放，而且这三个数据库并不是隔断的，他们通过计算机网络定期相互交换数据，以保证数据的完整性。在公共数据库发展的同时，各种为特定物种或特定研究内容而建立的专业化EST数据库也发展起来，并呈不断增长的趋势(见表1．1)。下面将着重介绍NCBI中两个综合性的数据库dbESTlll】以及UniGenell2l的

5、内容。表1-1常用的EST数据库Table1．1CommonESTdatabaseURL备注dbESThttp：／／www．ncbi．him．nih．gov／dbEST／index．html综合UniGenehttp：／／www．ncbi．him．nih．gov／sites／entrez?db=unigene综合n伊Genehttp：／／www．tigr．orgAdb／tgi／IndicesAllGeneshttp：／／www．allgene．orgdbCFChttp：／／cytokine．medic．kumamoto—U．ac．jp／KazusaDNAhttp：／／w

6、ww．kazusa．or．jp／ja2003／english／index．htmlresearchinstituteMAGESTNEMBASE综合人和老鼠脊椎动物信号传导相关藻类及拟南芥http：／／www．genome．jp／magest／海鞘类http：／／www．nema．cap．ed．ac．uk／nematodeESTs／nembase．html寄生虫3日本七鳃鳗惭e加泐妇)肝脏ESTs分析与比较转录组研究dbEST是目前最大的一个公共功能性序列数据库，是由NCBI于1992年开发的专门用于收集各个研究组织递交的EST数据。其主页如图1．2所示。截止到2008年

7、4月。该数据库中已收集有51116797条EST序列，其中人的EST约有800多万条，小鼠的EST400多万条。EST的纪录包括基本信息，如该条EST在dbEST中的编号、名称、在GenBank中的Accession号和Gl号等；克隆信息(CLONEINFO)，引物(PRIMERS)信息；EST的全序列(SEQUENCE)；文库(UBRARY)信息，如文库的名称、组织器官来源、组织的类型、发育时期、宿主菌、载体等；递交者信息；引文信息等。其中我们最常用的是其克隆及序列信息，可以下载得到我们需要的物种某个组织或胚胎的EST全序列，用于我们生物信息学分析；还可以通过克隆信息

8、获得含有该EST序列的克隆，进一步在实验室中进行验证等。4日本七鳃鳗(1乙册妒防．口．『印伽妇)肝脏ESTs分析与燮录组研究≯矽胥cBIl《多dbEST—-WindowsInternetExplorer7囊http：／／．wwncbinlmniV⋯于^j’!#傲游绿色网址-13393COrn房自定义链接r∥lIcB工dbEST名’V7。i．，··页面哩)t一’”嗣ExpressedSequenceTa[databaseSearchES丁for口d日《囤匦moaL,Sedduo_ngthelast10'fearsVlWhatIsdbEST?