生物信息学课程论

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1、[键入文字]生物信息学结课论文[键入文字]番茄WRKY26基因的生物信息学分析摘要：番茄(Lyeopersiconescaleutum.Mil1)是世界上重要的蔬菜作物之一，已经成为蔬菜基因工程研究的模式植物之一。由于环境污染，气候条件不断恶化，使地球上的生物生存环境遭受到越来越严重的危害，因此番茄非生物抗逆性改良的研究工作就更显得迫切和重要。已有研究证明WRKY转录因子可参与多种植物抗性反应,WRKY26基因存在于番茄中，其编码的WRKY26转录因子对番茄抗旱性有重要调控作用，研究其生物学功能显得尤为重要。本文采用生物信息学的方法对已在GenBank上登录的番茄

2、WRKY26基因的核酸及氨基酸序列、组成成分、同源性比对、编码蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜结构域、亲、疏水性、蛋白质结构及功能域等进行预测和推断。结果表明：该基因的ORF长度为1608bp且与马铃薯STWRKY8同源性很高，该基因编码的蛋白质分子量为分子量为59624.9，等电点为6.87，为酸性疏水性蛋白质，且不稳定。该蛋白质无信号肽和跨膜结构域，属于非分泌蛋白质。蛋白质结构表明该蛋白主要为β转角和无规则卷曲，没有α螺旋。通过此次研究，希望为今后深入研究该类基因的功能和结构特征提供依据。关键词：番茄；WRKY26基因；蛋白质功能；同源性前言番茄基因组中,数目众

3、多的转录因子参与植物的生长发育、物质代谢、响应生物和非生物胁迫等多种生物进程。WRKY基因家族是植物重要的转录因子家族,在抗病信号转导途径中起重要调控作用,因而成为分子植物病理研究领域中的热点。WRKY转录因子是一类植物所特有的抗逆相关转录因子超家族，在植物生物、非生物胁迫[1]以及植物的生长发育和多种代谢途[2]的调控中起重要作用。近年来的研究发现,转录因子和抗逆基因会对环境胁迫作出响应。一个抗逆基因的超表达只能提高植物单一抗性,而一个转录因子基因的超表达能够激活多个下游抗逆基因的表达,从而提高植物综合抗逆能力。所以与单抗基因相比,转录因子已成为作物改良的研究热

4、点。尤其是WRKY转录因子,因其可显著地调控植物生物和非生物胁迫,更是备受关注[3]。WRKY家族中的大部分成员受到水杨酸(SA)、NaCl、低温等刺激后会诱导表达[4-6]。Qiu等[7]发现OsWRKY45可在病原菌的诱导下表达,并提高转基因拟南芥的抗病性,说明WRKY基因还具有潜在的抗病能力。现已证明WRKY可参与多种植物抗病反应[8]。番茄作为重要的模式植物周年生产中常受到高盐、低温、病原菌的影响,其遗传改良越来越受到重视[9]。所以研究WRKY26基因的生物信息学功能显得尤为重要，可以为转基因番茄等其他遗传操作提供技术储备。一.基因的查找，在NCBI中查

5、找基因序列mRNAsequence>gi

6、723709376

7、ref

8、XM_004241707.2

9、PREDICTED:SolanumlycopersicumprobableWRKYtranscriptionfactor26(LOC101255501),mRNA12[键入文字]生物信息学结课论文[键入文字]GTATCTTCTTTCTTTTAATGGCTGCTTCAAGTTTCTCTTTTCCCACTTCATCTTCTTCATTCATGACGACTTCTTTCACCGACCTTCTTGCTTCTGATGATTATCCAACCAAAGGACTTGCTGATAGAATT

10、GCAGAGAGGACTGGTTCTGGAGTTCCTAAATTCAAATCTCTTCCACCTCCTTCACTTCCATTATCGCCTCCTCCTTTTTCGCCTTCCTCTTACTTTGCTATTCCTCCTGGTTTAAGTCCAACTGAACTTTTAGACTCCCCTGTTCTTTTGTCTTCTTCAAACCTTCTTCCATCTCCGACGACTGGGAGTTTTCCATCTCGTGCTTTTAATTGGAAGAGCAGTAGTCATCAGGATGTGAAACAGGAAGACAAAAACTACTCAGATTTTTCTTTCCAGCCTCAAGTA

11、GGGACAGCTGCATCATCAATCTCTCAATCTCAAACTAACCATGTCCCTCTGGGGCAGCAAGCATGGAATTGTCAAGAGCCCACAAAACAGAATGATCAAAATGCTAATGGAAGATCCGAATTCAACACTGTACAGAATTTTATGCAGAATAATAATGATCAGAACAATAGTGGAAACCAATACAATCAGAGTATAAGGGAGCAGAAAAGGTCAGATGACGGATACAATTGGAGGAAATACGGGCAGAAACAAGTAAAAGGTAGTGAAAATCCGAGAAGCTACTAC

12、AAGTG