奶牛瘤胃原虫引物设计优化及其在日粮效应评价中的应用-动物营养与饲料科学专业毕业论文

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1、优秀毕业论文Secrecy：No．：ChineseAcademyofAgriculturalSciencesMasterDissertationNewRumenCiliatePrimersTargetingFull-Length18SrRNAGenesandItsApplicationinEvaluatingDietaryEffectonCiliateDiversityintheRumenofDairyCowsM．S．Candidate：JunZhangSupervisor：Pro￡JiaqiWangMajor：

2、AnimalNutritionandFeedScienceSpecialty：RuminantNutritionChineseAcademyofAgriculturalSciencesApril2015精品参考文献资料优秀毕业论文万方数据精品参考文献资料优秀毕业论文独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含未获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同

3、工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：分皮时间：矽压年j月媚关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研究生签名：弦俊时间：弦心年j月jJ同导师签名：mJ-fi]：为／j年j月．?7同精品参考文献资料优秀毕业论文万方数据精品参考文

4、献资料优秀毕业论文中国农业科学院硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表论文题目奶牛瘤胃原虫引物设计优化及其在曰粮效应评价中的应用论文作者张俊专业动物营养与饲研究方向反刍动物营养料科学指导教师王加启{培养单位(研究所、中心)北京畜牧兽医研究所姓名姓名职称硕毒嚣’职称叭音，罢7单位专业签名1登刁其玉研究员誓莩I中国农业科学院饲料动物营养与研究所饲料科学；人刘建新教授誓善；浙江大学动物科技学动物营养与院饲料科学动物遗传育i鐾张家骅教授誓善三西南大学种与繁殖动物遗传育杨公社教授鬻詈二西北农林科技大学种与繁殖答李发弟教授博导

5、j兰州大学饲料科学积药硕导一：动物营养与颈导辩张宏福研究员尊导论文答辩时间地点精品参考文献资料优秀毕业论文万方数据精品参考文献资料优秀毕业论文摘要瘤胃原虫在反刍动物日粮营养成分的降解、瘤胃内环境的维持和反刍动物甲烷排放方面具有重要作用，因此近年来受到研究者的广泛关注。基于未培养技术的研究方法越来越多的被应用在瘤胃原虫多样性研究之中，18SrRNA基因发育分析和定量PCR是瘤胃原虫研究中较为常见的方法。但是，现有的瘤胃原虫引物设计较早，难以覆盖新发现的原虫。因此，本研究旨在设计与优化瘤胃原虫18SrRNA全长基因扩

6、增引物，并应用于评价日粮效应对奶牛瘤胃原虫群落多样性和数量的影响。为此，本研究主要分为三个部分：l、从Silva数据库中下载137条纤毛亚门原虫的基因序列，利用保守区域设计4条引物，结合已知2对原虫引物，组合形成5对瘤胃原虫18SrRNA全长基因扩增引物。对这5对引物进行碱基覆盖度和特异性的验证后，发现引物P．324f和P1747r2碱基覆盖度高(大于98％)，可有效区分瘤胃原虫和其他真核微生物。该引物扩增片段为1423bp更适用于瘤胃原虫群落多样性和系统发育分析，作为最优引物用于原虫多样性研究。为了优化原虫多样

7、性分析中OTU划分阈值，利用0．010—0．041阈值对原虫18SrRNA序列进行OTU划分．发现在0．015阈值下相同序列被分到不同OTU中的概率和同一个OTU包含两个不同原虫种属的概率最低。2、分别以苜蓿干草与玉米青贮(MF)和玉米秸秆作(CSA)为日粮主要纤维来源，以豆粕和杂粕(CSB)作为日粮主要蛋白质来源，进行奶牛饲喂试验。在试验的第91天晨饲前(0h)和后(2h)采集瘤胃液，提取微生物DNA，对瘤胃原虫18SrRNA基因测序并进行系统发育分析。结果表明，不同纤维来源日粮处理后文库差异显著(Libshu

8、ff,P<0．005)，但是不同蛋白质来源之间差异不显著。不同日粮处理对瘤胃原虫丰富度没有显著影响，以苜蓿干草和玉米青贮为纤维来源日粮原虫多样性显著高于玉米秸秆组，但是不同蛋白质来源日粮间原虫多样性差异不显著。系统发育分析表明，瘤胃中优势原虫主要来源于Dasytr／cha(54％)和Entodinium(35％)。3、在不同纤维和蛋白质来源日粮影响瘤胃原虫群落结构的情况下