cadgene数据库网站构建及eqtl网络社团结构划分

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1、分类号学号M201071453学校代码10487密级硕士学位论文CADgene数据库网站构建及eQTL网络社团结构划分学位申请人：刘伟学科专业：生物信息技术指导教师：郭安源（教授）答辩日期：2012年5月18日AThesisSubmittedinPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofMasterofScienceConstructionofCADgenedatabaseandcommunitystructuredetectionforeQTLnetworkCandidate:LiuWeiMajor:Bioinfo

2、rmationtechnologySupervisor:Prof.GuoAn-YuanHuazhongUniversityofScience&TechnologyWuhan430074,P.R.ChinaMay,2012独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除文中已经标明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解

3、学校有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权华中科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本授权书。本论文属于不保密□。（请在以上方框内打“√”）学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日华中科技大学硕士学位论文摘要冠心病(CoronaryArteryDisease,CAD)是受多种遗传和环境因素共同影响的复杂疾病，严重威胁人类的健康。以往的研究获得了大量实验数据，找到了许多冠

4、心病相关的候选基因。然而，这些基因和数据散布在数千篇文献中，不利于研究人员对它们进行系统地归纳总结和分析。为此，本项目拟充分整理和搜集已有的冠心病相关基因信息，构建一个信息丰富的数据库资源，并利用所构建的数据库尝试进行一些初步的系统分析和数据挖掘。首先，本项目基于LAMP(Linux+Apache+MySQL+PHP)平台构建了冠心病相关基因数据库CADgene(http://www.bioguo.org/CADgene)。该数据库在阅读2000多篇文献基础上，收集得到了318个冠心病相关候选基因，并按照功能和过程分成12类。对于每个基因，除保留文献中的相关信息(包括实验

5、人群、病人-对照数目、表型和基因型、P值或OR值、原文结论等)外，还进行了详尽的注释，包括基本信息、GeneOntology注释信息、KEGG信息和蛋白质相互作用信息等。同时，该数据还全面收集了冠心病相关的GWAS研究文献，得到了大量SNP数据，并对这些SNP数据也进行了详尽的注释，包括基本信息、宿主基因信息、邻近基因信息等。该数据库向研究人员提供了美观大方的信息显示界面、人性化的搜索功能和用户友好的动态交互，为系统分析冠心病的发病机理提供了宝贵的数据资源。另外，为课题组在今后全面分析CADgene收集的GWAS数据，本项目进行了一些初步的生物信息学分析与探索，下载并整理

6、了人类全基因组范围内的表达数量性状位点(eQTL)相关数据，使用三种不同方法尝试进行网络整合和模块划分，以期找出冠心病相关SNP所在的网络模块，进而找出它们的可能作用机制。关键词：冠心病，基因数据库，网络模块I华中科技大学硕士学位论文AbstractCoronaryarterydisease(CAD)isacomplexdiseaseandaleadingcauseofmortalityworldwide.Overthepastdecades,thousandsofCADrelatedresearcharticleshavebeenpublished,andmassive

7、genelistscatteredinthesevastamountsofliterature.ThiswillbenotconvenientforCADresearcherstodosystematicanalysis.Aimtointegratethemassivedataforfurthersystematicanalysisandprovideausefulresourcefortheresearchcommunity,wedevelopedacomprehensivedatabaseforCADrelatedgene