中国人群snp的大规模发掘和慢性乙型肝炎的遗传易感性研究

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1、作者姓名：周钢桥论文题目：中国人群SNP的大规模发掘和慢性乙型肝炎的遗传易感性研究作者简介：周钢桥，男，1972年9月出生，1999年9月师从于军事医学科学院贺福初教授，于2004年7月获博士学位。中文摘要建立中国人群基因组的SNP系统H录并研宄其与多基因病和药物反应性等生物学性状的关系是当前我国人类基因组研宄最重耍的内容之一。本论文建立了SNP发掘、分型和遗传分析的技术平台，进而在中国人群基因组中对128个重要功能基因进行了系统的SNP发掘，并以此为遗传标记，采用病例-对照和传递/不平衡检验（TDT）等手段，针对慢性乙型肝炎的遗传易感性机制进行了系列研究。此外，

2、还对人群中多态性的波动和维持的分子进化机制开展了研宄。主要获得以下四个方面的结果：（1）建立了SNP发掘、分型和遗传分析的技术平台。（2）在由27个个体组成的中国人参考群体中，对128个与慢性乙型肝炎发生相关的候选基因的编码区、调控区和内含子与外显子交界区进行了大规模重测序。测序覆盖的长度约为795kb,共发掘到1370个SNP位点；构建了每个基因的单倍型，确定了372个单倍型标签SNP;评价了每个基因的连锁不平衡模式。（3）首次发现/L/2A、基因分别与中国人群HBV感染后的慢性化过程关联。（4）发现哮喘病的易感基因/L/3在中国汉族人群和高加索人群中具有独特的

3、单倍型结构和多态性模式，一系列的中性理论检验表明，/L/3基因在这两个人群近期受到了正选择作用，从而揭示自然选择在/L/3基因遗传变异模式形成中起主要作用。本论文中建成的技术平台和基于中国人群基因组的SNP参考H录可供我国生物医药学术界和产业界用于严重危害国人的多基因疾病（如自身免疫病、肝癌等）的遗传病因的研究；乙型肝炎慢性化的遗传易感基因的初步鉴定可能用于这种疾病的风险预测、预防和基因治疗。乙型病毒性肝炎是我国最严重、最广泛的传染病。慢性乙型肝炎属于多基因疾病，其发生有遗传因素的参与。我们以发掘的SNP为遗传标记，采取病例-对照或TDT的研究策略，进行了候选基因

4、的遗传多态性与疾病之间的关联研究。病例-对照研究揭示，IL12AG6624A位点（OR=1.4,95%CI=1.1-1.7,尸=0.003）、IL18BPA-559C位点（OR=2.0,95%CI=1.3-2.9,尸<0.001）和腹/T29C位点（OR=1.39,95%CI=1.14-1.70,尸=0.001）分别与屮国人群乙型肝炎的慢性化过程关联。我们观察到淋巴细胞来源的Jurkat细胞屮某些未知的转录因子能更紧密地结合到IL12A3’UTR的6624A等位上，而丑该等位与外周血单个核细胞（PBMC）屮/L/2A的表达下降相关。已有研究显示，在HBV转基因小鼠

5、肝组织中IL12能够阻止病毒基因的表达和复制；一些临床研究也显示，与持续HBV感染患者相比，自限性恢复者个体血清屮生物活性的IL12显著升高。上述己报导的IL12的体内生物学功能和我们观察到的IL12AG6624A位点的体外功能，使我们得出结论：具有3’UTR易感等位6624A的个体产生丫较低的IL12p35（即IL12A）,从而导致有生物活性的异二聚体IL12的产量T降;有生物活性的IL12的减少能减弱Thl反应，使得HBV清除不完全，从而导致持续性的HBV感染。我们针对/L/SSP的功能研究显示，易感的-559A等位型与/I/SSP的表达上升相关。IL18BP

6、是新近鉴定的IL18的天然负反馈抑制因子，是另一个重要的介导Thl反应的细胞因子。己有报道指出；在转基因小鼠的肝组织中IL18能够抑制HBV的复制。结合上述我们对1L18BP-559G/A位点:的体外实验的结果，我们推断，在具有易感等位型的个体中IL18BP的产量升高，这样可能:中和IL18的活性，从而导致持续HBV感染风险的增加。也有研宂表明ESR1参与HBV感染慢性化的发生机制。与基于群体的关联研宂结果一致,:基于293个核心家系的TDT检验也表明，从杂合子父母传递到先证荠的29T等位型显著增多；（29T等位型的频率=56.4%，/=4.60，P=0.033）

7、。进一步的LD作图分析显示，T29C位点存在于一个LD模块内，该模块跨越了基因内从启动子到内含子3的基因组区域，表；明是ESR1基因本身与HBV感染的慢性化相关。-此外，我们还以/ZJ3基因为模型，对人群屮多态性的波动和维持的分子进化机制开展了研宂。:我们在国际上首次发现/LA?基因具有独特的单倍型结构和多态性模式，而且该基因位点受到:分子水平的达尔文正选择的作用。主要证据有：（1）/LA?位点的遗传结构在非洲人群和非洲《外人群之间存在高度显著的差异；（2）中国人群和高加索人群中高频突变等位的数目显著增?加；（3）单倍型结构的分析显示，不同人群中/ZJ3位点的单倍

8、型分布方式