关于上报高通量基因测序技术临床应用试点单位的相关工作

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1、关于上报高通量基因测序技术临床应用试点单位的相关工作2、实验室基本情况，包括技术力量、设备实施条件、开展相关业务规模等。（请艾迪康协助完善）2.1仪器设备实施条件目前我实验室具有高通量测序相关的所有设备仪器：高通量测序仪IonProton™、IonOneTouch2、IonOneTouchES、ABI实时定量PCR仪、梯度PCR仪、可控温高速离心机、超微量核酸检测仪、全自动核酸提取仪、超纯水系统、多模块可触屏金属浴等。IonProton™平台是一种利用半导体微芯片技术的台式高通量测序仪，体积如办公室打印机般大小。Io

2、nProton™有两种通量的测序芯片灵活可选，分别是10G、100G，适合不同通量需求的应用，该测序仪的半导体芯片上布满了高密度的小孔，每一个小孔就是一个测序反应池，孔底部带有一种探针-离子选择性场效应晶体管（ISFET），用来探测PH值的变化。进而把化学信号直接转化为数字信号，最终读出DNA序列。与其它新一代测序仪相比，IonProton™平台不需要激发光、CCD成像仪及荧光标记，可最大程度地简化处理高通量系统生成的数据所需的计算硬件，能直接并快速“读”出DNA序列，具有简单、快速、准确、灵活和低成本等显著优势，是

3、中等规模测序项目的最佳选择。IonProton™使用半导体测序芯片，反应微孔数不小于16亿，研发中的IonProtonTMⅡ的反应微孔数则不小于66亿。此外，IonProtonTM芯片上独特的流体体系、微体系机械设计和半导体的技术组合，可以快速直接的将遗传信息翻译成数码的DNA测序结果，进一步得到高质量的测序数据，它可以在一天之内测定一个人的全基因组。2.2专业技术2.2.1测序样品前处理技术——自主研发的专利技术样品处理需要排除外来基因的干扰，有效的提取出极微量的DNA片段，经我公司自主研发出的血液游离痕量DNA提

4、取系统纯化系统与检测系统，该系统检测所需样品量少，最低可提取出0.2ml浓度为血液样品的DNA，提取纯化用时短，且纯度高，重复性好，提取仪器设备和耗材所占体积小，所需空间小，除可应用于固定实验室外，也可配备在移动检测车上作为快检使用。该血液游离痕量DNA提取系统采用超吸附性纳米颗粒，利用纳米该技术对其表面进行改良和表面修饰后，制备成超吸附性氧化硅纳米晶珠，将分离的核酸吸附收集到晶珠上。DNA富集的方法主要有磁珠法和离心柱法。磁珠法的核心是将细胞中游离出来的核酸分子吸附到磁性颗粒表面，蛋白质等杂质不被吸附而留在溶液中。

5、在磁场作用下，使磁性颗粒与液体分开，回收颗粒，再用洗脱液洗脱即可得到纯净的DNA。离心柱法是将树脂或硅胶膜固定在离心管中，在高盐低pH值条件下，DNA选择性吸附于离心柱内的树脂或膜上，通过漂洗、离心等步骤，去除蛋白和多糖杂质，最后用低盐高pH值的洗脱缓冲液将DNA从树脂或硅胶模上洗脱。本研发采用特有的纳米晶珠方法，不需要经过磁场处理，也不用特别制作的离心柱，操作简便省时。该项技术是采用的国际先进的技术理念，并且由我公司研发团队在国际先进技术基础上自主设计配制的，是国际国内未有的创新的技术，经该技术改良的晶珠的表面结构

6、也是国内外未有的设计方案。该检测系统的的先进技术使得其特异性好、灵敏度高等一系列优点，打破了从前的瓶颈问题，此外，其操作简便易行，无需特殊昂贵的仪器设备耗材等，也使其成本大大降低，所以本技术所产生的商业化产品更容易被市场接受。2.2.2构建文库、样品处理及测序分析从项目确立，需要找到各项目中关键的作用基因及个体的共性和差异，并对该基因进行详细分析比对，并建立相应的文库。根据需要可构建得文库有基因文库、基因组文库、cDNA文库等，从DNA的制备到切割到连接重组等都需要准确严格操作，以得到高质量的文库。之后油包水PCR以

7、使文库与测序珠子相连，最终将文库模板富集，整个实验程序技术要求颇高，需要具有扎实的实验基础、精准的专业技术水平。对于各基因测序项目的数据和结果分析，需要预先构建模型，在实验及分析比对的结果中，确立最终分析板块。对于高通量测序仪的数据分析，需要专业精准的软件系统及数据模型。该技术团队均是生物相关专业和生物信息学专业出身，实验能力级专业技术水平完全可满足该相应技术难度及精度的要求，且经过专业测序培训，有着丰富的构建文库、基因测序及数据分析的宝贵经验。2.3技术团队专业研发人员25名，其中核心专家10名博士均由美国一流的生

8、物、医药制药专家和生物化学专家组成，具有硕士学位以上生物学、微生物学、生物化学、医学等相关学科的科技人员8-10人，以及5-7人的具生物学、化学、医学或药学学士学位以上的质检和质控工作人员。项目负责人程澎博士，男，出生于1964年，教授，曾在中国医科大学获得学士、并且以优异的成绩留校任教。后在美国获得硕士(SamraUniversity)学位和