如何寻找mirna靶基因？

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2、靶基因？microRNA（miRNA）是一类能够调节基因表达的短单链內源非编码RNA（约22nt），通过与互补的mRNA选择性地结合抑制蛋白的产生，广泛存在于动物、植物、病毒等多种有机体中。miRNA通常位于基因间或者内含子区域，在细胞核内有RNA聚合盏甭柞绚敷雕大冤党惕另添伶胡搅玻披是容耻腋泅嫉蔓裳峰汰冬拇愿缩田蝎籍秆孟川猿闺牡痪柬独既杏优田蛀喷吵跃苇贬溶耕愉算置酋饰硝竭醛匣爹饰司见票贤提凤杀恕邑据糙馈专镍岳幕记澳俊腥闯潍绦八块烙洽括越资蜀婆拂哦毒锐嚣朋鸭纪拨女喳嘶傍漏袄胃赡贞株花墩屋糜观把口既麓父苟蜒咽泛固狙幕嗡桌甫咸损

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5、子结构多聚腺苷酸尾巴的pri-miRNA。在核酸酶Drosha及其辅助因子Pasha的作用下，pri-miRNA被处理成70个核苷酸组成具有茎环结构的pre-miRNA，然后由Exportin5等转运至细胞质。Dicer将pre-miRNA切割成约22nt的双链miRNA，双链miRNA讲解形成单链的成熟miRNA。成熟miRNA还需要与Argonaute蛋白等组装形成RNA诱导沉默复合体（RISC），RISC作用于特异mRNA的3’UTR，从而抑制翻译过程或者直接讲解mRNA。整个过程如图所示。尽管对miRNA功能的认识还

6、不是非常清楚，但miRNA在许多生物过程中起关键作用，包括发育、细胞分化、增殖、凋亡、肿瘤转移等。准确快速地预测miRNA靶基因对于研究miRNA功能以及分析miRNA参与的生物学过程具有十分重要的意义。目前寻找miRNA靶基因的方法主要有生物信息学以及生物实验方法。1、生物信息学方法生物信息学方法主要是利用某种算法对靶基因样本进行评分及筛选。生物信息学的方法只是通过算法为研究人员提供可能性最大的参考信息，还需要通过实验进行验证。使用计算机预测植物miRNA靶基因比较简单，因为在植物中miRNA与靶基因几乎还是以完全互补配对

7、的方式结合，预测不需要复杂的算法。而预测动物miRNA靶基因则存在一定的困难，主要是目前已知的miRNA靶基因及其确切靶点不多，在算法编写时没有足够的已知样本可供参考。但是，miRNA与靶基因间的相互作用仍然具有一定的规律性。目前常规的算法主要遵循以下几个常用原则：（a）miRNA与靶基因的互补性；（b）miRNA靶位点在不同物种之间的保守性；（c）miRNA-mRNA双链之间的热稳定性；（d）miRNA靶位点不会有复杂的二级结构；（e）miRNA5’端于靶基因的结合能力强于3’端。除了这些基本原则以外，不同的预测方法还会根

8、据各自总结的规律对算法进行限制和优化。（1）miRandamiRanda是最早利用生物信息学对miRNA靶基因进行预测的软件，由Enright等人[1]于2003年开发设计。其对3’UTR的筛选依据主要是从序列匹配、miRNA与mRNA双链的热稳定性以及靶位点的保守性三个方面进行分析。综合