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《根癌农杆菌ti和at质粒基因组中的分泌型信号肽分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、农业生物技术学报JournalofAgriculturalBiotechnology2006,14(2):265~268·研究论文·根癌农杆菌Ti和AT质粒基因组中的分泌型信号肽分析罗灯涛,范继英,范成明,赵明富,何月秋*(云南农业大学植物保护学院，昆明650201)摘要：利用SignalP3.0和PrediSi软件结合L值和TMHMM筛选，对根癌农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)C58Cereon菌株的Ti和AT质粒所编码的745个ORF编码蛋白中的信号肽进行了预测，发现35条为分泌型蛋白，其中6条属于
2、RR-motif型信号肽，2条蛋白的信号肽为细菌素-信息素型信号肽，新注释了24条分泌型信号肽，其中1条来自Ti质粒，23条来自AT质粒的蛋白。这些信号肽N结构域的长度变化为2~19aa,平均为6.8aa，H结构域的长度变化为8~34aa，平均为17.1aa。关键词：信号肽；信号肽预测；根癌农杆菌；质粒；筛选中图分类号:S188文献标识码:A文章编号:1006-1304(2006)02-0265-04AnalysisofSec-typeSignalPeptidesintheTiandATPlasmidsofAgrobacteri
3、umtumefaciensC58CereonLUODeng-tao,FANJi-ying,FANCheng-ming,ZHAOMing-fu,HEYue-qiu*(PlantProtectionCollege,YunnanAgriculturalUniversity，Kunming650201,China)Abstract:The745ORFsoftheTiandATplasmidsofAgrobacteriumtumefaciensC58Cereonwereusedforsignalpeptidepre-dictionbyco
4、mprehensiveanalyseswithSignalP3.0andPrediSiandscreeningbasedonLvalueandTMHMM.Total35sec-typesig-nalpeptidesincluding6RR-motifand2bacteriocins-pheromonessignalpeptideswerefoundandamongthem,24peptideswerean-notatednewlyassignalpeptides,1forplasmidTiand23forplasmidAT,re
5、spectively.Amongthe35signalpeptides,theN-domainhas2~19aawithaverage6.8aa,andtheH-domainhad8~34aawithaverage17.1aa.Keywords:signalpeptide;predictionofsignalpeptide;AgrobacteriumtumefaciensC58Cereon;plasmid;screeningPrediSi和SignalP3.0作为两种预测信号肽的软1材料和方法件，已被很多学者应用到生物信息学的研
6、究中，并取得了一些令人满意的结果，但至今还未见在质粒上1.1材料的应用。质粒作为引入外源基因的载体，在基因工程质粒基因组来源于http://www.tigr.org/tigr-scri-中的作用越来越重要，特别是根癌农杆菌(Agrobac-pts/CMR2/batch-download.dbi。软件SignalP3.0和teriumtumefaciens)中的Ti质粒是将外源基因引入TMHMM2.0来源于http://www.cbs.dtu.dk/services;植物或真菌中的一个极其重要而广泛应用的载体工软件PrediSi来
7、源于http://www.predisi.de。!。Woodetal.,2001年完成该菌株的基因组的测1.2实验步骤序，为研究这一菌株与其质粒间的相互关系奠定了(1)用PrediSi和SignalP-NN算法的D得分基础。本研究利用PrediSi和SignalP3.0两种软件，(Jannicketal.,2004)、SignalP-HMM的Cmax得分对根癌农杆菌的Ti和AT质粒编码的蛋白信号肽对蛋白进行筛选。(2)对从(1)中得到的结果用L值进行了预测，对预测结果用L值和TMHMM进行$HMHMM进行验证并筛选。除去L值小于
8、0的了验证和筛选，并对质粒中具有分泌特性的蛋白信蛋白序列(Samueletal.,2003)，其中L=-198.235-号肽进行了结构上的分析。123.455x(Smeanscore)+1983.44x(HMMCmaxscore)，%HMHMM筛选出无跨膜结构的
