丹参btf3基因的克隆及生物信息学分析

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1、万方数据武汉植物学研究2009，27(6)：582—588．，D盥m耐D，Wh．11日瞻肋缸n缸威胁溯^丹参曰册基因的克隆及生物信息学分析何苗，武雪，王苗之+(药用植物资源与天然药物化学教育部重点实验室，西北濒危药材资源开发国家工程实验室，陕西师范大学生命科学学院，西安710062)摘要：采用PCR及RT．PCR技术分别从丹参基因组DNA和cDNA水平克隆了通用转录因子3(胍缸7忆琊呻砌n，k幻疗，日哟)基因，运用生物信息学方法对该基因编码氨基酸序列的组成成分、疏水性／亲水性、翻译后修饰、蛋白质高级结构等进行预测，利用实时荧光定量P

2、cR检测丹参不同器官以及脱落酸和干旱诱导下B7"的表达情况。结果表明：丹参曰鹏基因全长为1510bp，包含5个外显子和4个内含子；cDNA全长794bp，编码蛋白整体表现为亲水性，二级结构主要由a．螺旋、不规则卷曲组成，具有NAc结构域，与其他植物的B册在序列组成、结构及活性位点上有高度的相似性。丹参日册基因在根、茎、叶中均有不同程度的表达，表达丰度为：根>茎>叶；ABA诱导该基因表达量24h内没有显著的变化；干旱胁迫下该基因的表达受到抑制。关键词：通用转录因子3；生物信息学；丹参中图分类号：Q943．2文献标识码：A文章编号：10

3、00一470x(2009)06—0582—07CloIlingandBioinformaticsAnalysisof曰n呵GenefromIShZl，缸mf枷砌邑砸BungeHeMiao，WUXue，WANGZhe-Zhi‘(研k60rn研旷Min话打y矿EdⅡc毗幻n力r胁d驰，越州。眦Re蚰M煳Ⅱ，ldⅣo￡w口fm口m删拓矗铂e盯凼孵，N幽诚Enginee^鸭鼬ornt‘'ry触融。删D魄loP堍《E越。噼他dChi船ecn出Dmgs讯胁疗^"嘲矿仇i加，co阮班D，阿；＆切脚，跏∞n缸肋mmz‰汹妙，Xi，肌710062，c

4、hi∞)Abstract：ABasictransc五ptionfactor3(8刀口)gene矗omS口助如m以￡面mbi狐Bunge(SmB”■)w鹪clonedbyPCRandRT—PCR。namedS，n曰7乃．Thededuced锄inoacidsequenceofS，nB册weI．eana—lyzedbythetoolsofbioinfomlaticsinthef．oUowingaspects：thechemicalcomposition，hydrophobicityorhydrophilicitv．post—transl

5、ationalmodification，stlllcturaldomainandtheadvancedstmctureofdeduceda—minoacidsequence．Theexpressionsof

6、sm曰刀口indi￡f．erentorgansandunderstresstreatmentswerede—tectedbyreal—timenuoresce毗quantita“vePCR．TheresultsshowedthatthegenomicDNAofIsmB丁乃was15lObplong，whjchcontained5

7、exonsand4intrDns。whileit8cDNAw勰794bp．7Ihededucedpro—teinwerehydrophilic．Thesecondstmcturepredictionindicatedd．helixandrandomcoilwerethemajormotifsandNACdomainwasincluded．Thesequencecomposition，stllJcture，andactivitysiteswerehi幽lysimilarwithotherBTF3proteinsinplants．The

8、expI．essionof5，nB7乃wasthehighestinrI)ot，follo、vedbythatin$tem，andtheleastinleaf．ObviouschangesoftheexpressionofSmB刀口werenotabsen，edduring24htreatedbyABA，whileunderthedmughtstress，meexpressionwasinhibitedatfirstandthenin—creasedtocontI-oIlevel．Keywopds：Basictranscdption

9、factor3(B7")；Bioinfo咖atics；阮励施m讹幻砒泌NAC(nascent—polypeptide—associatedcomplex)是由d和B两个亚基组成的异二聚体，结合在与核糖体连接的新生多肽链上⋯，通过阻止初