基于基因共表达网络分析的三阴性乳腺癌预后相关基因与铂应答靶点关系的研究

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1、分类号：TP391G250单位代码：10159密级：公开学号：201521224硕士学位论文中文题目：基于基因共表达网络分析的三阴性乳腺癌预后相关基因与铂应答靶点关系的研究英文题目：Researchontherelationshipbetweentheprognosisoftriplenegativebreastcancerandplatinumtargetbasedongenecoexpressionnetworkanalysis论文作者：黄鹏指导教师：崔雷教授学科专业：情报学完成时间：2018年3月中国医科大学硕士学位论文基于基因共表达网络分析的三阴性乳腺癌

2、预后相关基因与铂应答靶点关系的研究Researchontherelationshipbetweentheprognosisoftriplenegativebreastcancerandplatinumtargetbasedongenecoexpressionnetworkanalysis论文作者黄鹏指导教师崔雷教授申请学位管理学硕士培养单位医学信息学院一级学科图书情报与档案管理二级学科情报学研究方向生物信息与文本挖掘论文起止时间2016年11月—2018年3月论文完成时间2018年3月中国医科大学（辽宁）2018年3月中国医科大学硕士学位论文摘要目的：作为一种常

3、规新辅助化疗方案，铂在三阴性乳腺癌中发挥效用的机制尚不明确，预测三阴性乳腺癌铂应答的基因标志物意义重大，有助于筛选适宜铂类药物的患者，提高铂类药物的治疗效果。本研究拟通过构建基因共表达网络，筛选铂药影响三阴性乳腺癌预后的基因标志物，梳理铂药在此过程中的调控机理。方法：从美国癌症基因图谱计划（TheCancerGenomeAtlas,TCGA）数据库下载乳腺癌基因表达数据和相应的临床资料，使用mclust聚类算法识别其中的三阴性乳腺癌样本。采用edgeR和DESeq2两种方法对样本进行三阴性/非三阴性，三阴性/正常双水平的差异表达分析。进而基于加权基因共表达网络分

4、析（WeightedGeneCo-ExpressionNetworkAnalysis,WGCNA）方法构建三阴性乳腺癌差异基因共表达网络，筛选网络中预后相关模块。在此基础上，结合文本挖掘的方法预测三阴性乳腺癌中铂应答靶点，并借助竞争性内源RNA（competitiveendogenousRNA,ceRNA）假说解读转录水平的调控机制。结果：本研究共识别出176例三阴性乳腺癌样本，通过差异分析得到了3045个三阴性乳腺癌差异表达基因。构建出的基因共表达网络中，turquoise模块含481个基因，与预后显著相关。筛选出17个潜在的铂药影响三阴性乳腺癌预后的基因标志

5、物，并构建出ceRNA网络。结论：结合生物信息和文本挖掘，识别出三阴性乳腺癌预后相关模块，预测出影响三阴性乳腺预后的潜在铂应答靶点，揭示了该过程转录水平的调控机制，并通过富集分析对部分结果进行了验证。为筛选三阴性乳腺癌铂敏感患者提供参考，为进一步研究三阴性乳腺癌预后相关基因和铂应答靶点间关系打下基础。关键词：差异表达基因；预后；基因共表达网络；WGCNA；ceRNAI中国医科大学硕士学位论文AbstractObjective:Asaroutineneoadjuvantchemotherapyregimen,themechanismbywhichplatinume

6、xertsitseffectintriple-negativebreastcancerremainsunclear.Thepredictionofaplatinummarkergenesignatureintriple-negativebreastcancerisofgreatsignificanceandcanbeusefulforscreeningpatientswithappropriateplatinumdrugs.,toimprovethetherapeuticeffectofplatinumdrugs.Thisstudyintendstoconstr

7、uctageneco-expressionnetworktoscreenthegenesignaturesofplatinumdrugsaffectingtheprognosisoftriple-negativebreastcancer,andtosortouttheregulatorymechanismofplatinumdrugsinthisprocess.Methods:BreastcancergeneexpressiondataandcorrespondingclinicaldataweredownloadedfromtheTCGAdatabase,an

8、dthemclustcl