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1、Gaussian09计算溶剂化能量使用scrf=(solvent=toluene,cpcm)命令在G09下计算溶剂化能量(使用气态优化的结构)!但是由于与使用G03时输出文件不一样(没有Totalfreeenergyinsolution这一项)!请教使用G09怎么计算溶剂化能量?Mcdull 发表于2010-11-1420:26:55那就直接用文件结束时给出的能量好了。方便的话,也可以把output放box上让大家帮忙分析下。yangxz 发表于2010-11-1708:30:20做一个包含溶剂的频率计算,总自由能就自
2、动加上了溶剂效应修正。caipingl 发表于2010-11-1712:21:53用smd模型来计算:scrf=(solvent=toluene,smd),不需要指定半径。单点算出来的能量E加上气态计算的自由能修正,结果比较合理。不过我一般使用G09得到气态优化结构,然后用G03计算溶剂效应。hgp2006 发表于2010-11-1920:09:49用smd模型来计算:scrf=(solvent=toluene,smd),不需要指定半径。单点算出来的能量E加上气态计算的自由能...caipingl发表于2010-11-
3、1712:21http://chem8.org/bbs/images/common/back.gif 那你这种情况发文章时怎么说呢?03和09的溶剂化计算相差还是很大的!gaoyp0114 发表于2010-11-2217:08:59请问你是如何算溶剂化能的,对应高斯输出文件的哪项?caipingl 发表于2010-12-2207:36:37回复5#hgp2006 G03和G09的参考文献都写上,溶剂化效应说明部分指出采用G03计算就可以吧。我对比过一些G03和G09优化结果,差别很小。我想这样做应该是合理的吧。相对于
4、某些体系,G09的SMD模型会得到比较奇怪的结果。个人感觉G09不如G03,有时有些体系用G09优化就会出错,而G03就能正常运行,而且IRC计算时也经常会出错。感觉还是G03用起来得心应手。yangxz 发表于2011-1-502:21:31使用G09可以直接优化包含溶剂化效应的结构,在此基础上做频率计算就可以了。SMD模型比较新,但个人感觉不太成功。BondiRadii应该更稳定一些。Dice 发表于2012-4-608:39:25本帖最后由Dice于2012-4-608:41编辑 做一个包含溶剂的频率计算,总自由
5、能就自动加上了溶剂效应修正。yangxz发表于2010-11-1708:30http://www.forum.chem8.org/images/common/back.gif如果要溶剂化能的话,是不是做一个溶液相的计算(opt+freq)和一个气相的计算(opt+freq),然后用Gsol-Ggas?Dice 发表于2012-4-609:16:47DoVacuumperformsthefirstiterationinthegasphase;thisoptionisrequiredinordertocomputeaΔGo
6、fsolvation. 我用scrf=(smd,solvent=toluene,DoVacuum),没有见到ΔGofsolvation这个问题我也很疑惑,希望跟大家讨论下。G03中,溶剂化主要是以PCM系列为主,溶剂化的计算自动包括了静电项(elec)和非静电项(non-elec=cav+dis+rep),如果使用scrf=(solvent=溶剂名称,pcm,read)最后来一个scfvac,那么会在.log文件中给出你详细的数据,其中有ΔG(sol)=E(elec)+G(non-elec)(据很多文献的描述,溶剂化自
7、由能包括这两项)。G09中的溶剂化有点烦锁有点坑。首先,它取消了scfvac这个命令,无法直接给出ΔG(sol),PCM的默认计算不再包括non-elec。如果想要计算和输出non-elec并且同时给出ΔG(sol),需要scrf=(solvent=溶剂名称,pcm,externaliteration,dovacuum,read),在gjf最后使用cav(回车)dis(回车)rep,那么你会在.log文件中得到与03一样的结果。其次,这个版本包括了很新的SMD溶剂化模型(Truhlar课题组做的,由很早的SM5演变过来
8、的吧),这个模型的特点主要是对non-elec的改动,它等于CDS=cav+dis+struc,但其elec项依然是PCM做的。并且SMD的计算结果会直接就把non-elec加到所得到的SCFdone的能量中。由于non-elec=CDS,故该模型不支持cav(回车)dis(回车)rep这种输入模式。如此时想得到ΔG(sol),方
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