生物信息学习题集

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1、生物信息学课堂操作练习一、生物信息学科的发展和研究内容通过下列internet上的自教课程，初步了解不同的数据库和分析工具http://www.ebi.ac.uk/2canhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education二、生物数据库1.熟悉各种数据库。2.重点了解GenBank和SWISS-PROT所包含的各种功能和适用范围。三、关键词或词组为基础的数据库检索1.熟练掌握Entrez检索体系。2.查找与水稻抗病基因Xa21有关的资料(1)由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？(2)exon和intron的位置？(3)是否有3－D

2、structure数据？1)由多少碱基构成？编码多少个氨基酸?4623b.p.,1025A.a.;2)exon和intron的位置?Exon:24~2700,3543~3943intron:remaining;3)是否有3－Dstructure数据?没有.3.查找C.elegans基因组的资料。(1)chromosomeI的测序是否已完成？(2)已知的chromosomeI的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？1)chromosomeI的测序是否已完成?完成.2)已知的chromosomeI的序列有多少碱基?序列发表在哪份杂志上?期号和页

3、码?15.0724Mb.p.(15072421b.p.),Science1999Jan1;283(5398):35.4.查看人类基因组第1染色体上基因的分布。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?ORG=hum&MAPS=ideogr,est,loc&LINKS=ON&VERBOSE=ON&CHR=15.查看Arabidopsis的系谱树，以及Arabidopsis第1染色体上的序列。比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同(http://www.ncbi.nlm.nih.

4、gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=3701,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?taxid=3702&chr=1)貌似没什么区别……比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。6.与retrotransposon有关的文献资料有多少篇？5774,(在pubmed中直接查找关键词,2009‐3‐28)与riceretrotransposon有关的文献有多少篇？214,(在pubmed中直接查找关键词,2009‐3‐28)7检索我校在2009

5、年1月发表的被PubMed收录的科研论文HuazhongAgriculturalUniversity,297.熟悉SRS检索体系。8.熟悉DBGET检索体系。四、核苷酸和蛋白质序列为基础的数据库检索1.了解BLASTFrequentlyAskedQuestions的答案。2.以大麦Mlo基因（Z83834）为查询序列(1)用Blastn能检索到多少条与Mlo同源的序列？与Mlo同源的序列：共找到63条与Mlo同源的序列(2)在使用Blastn检索中，如改变Evalue的阈值，能检索到多少与Mlo同源的序列？将Evalue(Expectthreshold

6、)由默认的10改为1时，仍有63条同源序列。若将E值改为5e-19时可以找到61条同源序列。(3)怎样去掉alignment过程中出现的小写字母？这里所说的小写字母就是出现重复序列时被算法筛选后出现的n。将Algorithmparameters中的FiltersandMasking选项里的Lowcomplexityregions前的勾去掉就可以去掉比对过程中出现的小写的n。(4)用PSI－BLAST检索到的与Mlo蛋白同源的序列与用Blastp检索到的同源序列是否有差别？PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建

7、profile，然后用新的profile再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空位的BLAST搜索数据库，将获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法，能寻找蛋白质序列中的隐含模式，有研究表明这种方法可以有效的找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白，甚至可以与一些结构比对方法，如threading相媲美。PSI-BLAST服务可以在NCBI的BLAST主页上找到，还可以从NCBI的FTP服务器上下载PSI-BLAST的独立程序。首先得到Mlo的蛋白质序列：C

8、AB06083.1；然后用blastp检索。选中PSI-BLAST。第一次检索得到100个同源