利用oligo软件进行pcr引物设计

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1、下面我先来讲讲普通的利用OLIGO设计引物的方法吧：1从文件菜单打开模板序列，当然，不是随便什么序列都可以打开的，要有特定的格式，一般扩展名为*.seq的序列可以直接打开，或者就从文件菜单选择newsequence打开一个空窗口，然后利用复制/粘贴也可以导入模板序列，或者直接在该窗口中写，然后要打开文件菜单旁边的accept菜单，选accept就可以了；这时候有三个窗口，重叠在一起，很不方便看，可以从window菜单选Tile，这样，三个窗口就平行排列了。2从search菜单选primersandprobes，打开了引物搜索窗3点黑PCR下面的compatiblepair

2、s前面的小圆孔4在oligonucleotidewithGCclamp及Eliminatefalsepriming前的小方格里打上勾5如果在PCR中可能存在其他的模板，要想使所设计的引物与该模板不会形成错配，可在Andcontinueabovesearchinotherfiles的条目前方格中打勾，这时会出现一个新的selectfiles窗，导入可能会形成错配的模板序列。点OK6点Searchranges按钮，输入你想要的上游和下游引物在模板序列上的区间及想要的产物的长度，点OK7点parameters即引物参数按钮，一般将搜索严谨性设为high，如果搜不到，再降低严谨性

3、，另外，在adjustlengthtomatchTm's前的方格中打勾。点OK8点击OK开始自动搜索9搜索完成后，在searchstatus窗口的下部选show:primerprimers,点OK 10得到的引物可以根据位置、长度、退火温度及GC含量进行排序（sort)11点击您所想要的就打开了一个窗口显示引物的位置、退货温度、GC含量、PE(Primingefficiency引发效率）等。12从文件菜单点击"NewDatabase"，然后从import菜单点击upperprimer和lowerprimer就可以将您所需要的上下游引物序列导入到数据库中，至于如何生成引物报

4、告单我就不甚了了，感觉这个功能不如primerpremier好使。还希望知道如何使用的兄弟不吝赐教一下叻。作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的NewSequence浮动命令，或直接点击工具栏中的NewSequence命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，

5、Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readbackon”即可。2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。点击File菜单中的“Ope

6、n”浮动命令，找到所需文件，打开即可。进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。一，普通引物对的搜索：以Mouse4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse4E（2361bp）为模板，设计一对引物来扩增

7、出600－800bp长的PCR产物。1，点击“Search“菜单中的”ForPrimersandProbes“命令，进入引物搜索对话框；2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatiblepairs。在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。①单击：“searchRanges”按钮，弹出“SearchRanges”对话框。输入上游引物