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1、高通量细菌鉴定方法研究进展刘伟王腾蛟唐海琳谢红卫*(国防科技大学机电工程与自动化学院湖南长沙410073)摘要：高通量细菌鉴定是微生物领域的重要研究课题，对于疾病诊断和环境监测具有重要意义。相比传统的表型鉴定方法，分子遗传学鉴定方法具有稳定性高、检测周期短以及成本较低等特点，成为了主流的鉴定方法。特别是下一代DNA测序技术、核酸分子检测基础上的细菌检测芯片、质谱技术基础上的蛋白质图谱分析为高通量、快速、准确乃至定量的细菌鉴定提供了可行性方案。关键词：细菌鉴定，DNA测序，核酸分子检测，蛋白质图谱分析Theresearchprogressofhigh-thr
2、oughputbacterialspeciesidentificationXIEHong-Wei*LIUWeiWANGTeng-JiaoTANGHai-Lin(CollegeofMechanical&ElectronicEngineeringandAutomatization,NationalUniversityofDefenseTechnology,Changsha,Hunan410073,China)Abstract:High-throughputbacterialspeciesidentificationisanimportantresearchto
3、picintheareaofmicrobiology,whichplaysapivotalroleinthediseasediagnosisandenvironmentalmonitoring.Comparedtothetraditionalphenotypicidentificationmethods,molecularmethodshavethefeaturesofhigherstability,shorterdetectionperiodandlowercost,whicharebecomingthemaintrendinthebacterialsp
4、eciesidentification.Especially,nextgenerationsequencingtechnique,thedetectionchipsbasedonnucleicacididentification,theproteinprofileanalysesbasedonmassspectrometryprovidethevalidmeansforhigh-throughput,fast,accurateandquantitativebacterialspeciesidentification.Keywords:Bacterialsp
5、eciesidentification,DNAprofileanalysessequencing,Nucleicacididentification,Protein高通量细菌鉴定是微生物领域中重要的研究课题之一，对于疾病预防与环境检测具有重要意义[1]。鉴定(Identification或Determination)是指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、新发现的或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。原则上，一个具有广泛意义的细菌鉴定方法应符合以下标准：分辨大多数细菌的能力；从尽量少的样本中鉴定出全部细菌；根据显性的没有明显特征的
6、细菌寻找到其同源的物种；能够对细菌样本进行立即、灵活和高通量的分析；操基金项目：国家自然科学基金项目(No.31000591，31171266)*通讯作者：：xhwei65@gmail.com收稿日期：2014-04-04；接受日期：2014-08-29；优先数字出版日期(www.cnki.net)：2014-09-11微生物学通报Microbiol.China25022014,Vol.41,No.12作简单；迅速得到结果。为达到此标准，研究人员发展了多种细菌鉴定方法。总体上，细菌分类鉴定方法包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类，分成4个水平：细菌形态和
7、生理生化水平、细胞组分水平、蛋白质水平和核酸水平[2]。细菌形态和生理生化水平是传统的细菌分类鉴定方法，后三者则是分子水平上的鉴定方法，它们能够为细菌分类鉴定提供相对于表型分析更可靠的依据。分子鉴定方法具有代表性的有免疫诊断技术、基因测序、核酸分子检测技术和蛋白质图谱分析等。与传统方法相比，这些方法由于基于分子层面，细菌中的基因和蛋白质在很长时间内都不会发生变化，因此具有更好的稳定性。同时，由于省去了繁琐的理化试验步骤，检测周期短，人力物力消耗相对较少。本文将对其中常用的DNA测序和核酸分子杂交方法，新发展的蛋白质组学鉴定方法加以详细介绍。传统方法难以区分
8、某一传染是由一个还是多个菌种所引起。16SrDNA测序在分子水平上
