外显子捕获结题报告分析

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1、外显子组测序结题报告外显子捕获结题报告2010-11-2221外显子组测序结题报告内容1项目信息12工作流程介绍22.1Agilent液相捕获平台22.2NimbleGen液相捕获平台32.3生物信息分析流程43分析报告5结果53.1标准生物信息分析53.1.1数据产出统计53.1.2目标区域单碱基深度分布图63.1.3外显子捕获测序的均一性73.1.4一致序列组装和SNP检测73.1.5SNP注释83.1.6插入/缺失(indels)检测93.1.7插入/缺失(indels)注释93.2个性化分析93.2.1氨基酸替

2、换预测93.2.2群体SNP检测和等位基因频率估计123.2.3孟德尔遗传病分析133.2.4NGS-GWAS分析143.2.5正向选择信号的检测144数据分析方法说明154.1信息分析软件及常用参数介绍154.2参考数据库164.3数据文件格式1721外显子组测序结题报告1项目信息PROJECTNAMECONTRACTNUMBERSAMPLEINFORMATIONSpeciesInformationGenomeInformationAdditionalInformationCUSTOMERINFORMATIONPIC

3、ontactPersonCompanyNameContactMethodsNameTelE-mailNameTelE-mailCONTACTINFORMATION(BGI)SalesInformationNameTelE-mailNameTelE-mailCustomerServiceNameTelE-mailNameTelE-mailPROJECTDIRECTORAPPROVALTHERESULTSHAVEBEENAPPROVEDANDCANBESUBMITTEDSignature:Date:21外显子组测序结题报告

4、2工作流程介绍采用AglientSureSelect外显子靶向序列富集系统和NimbleGenSeqCapEZ人全外显子捕获系统。这两个系统都采用液相系统进行高特异性和高覆盖率的外显子区域捕获。2.1Agilent液相捕获平台图2.1Aglient外显子捕获和测序流程基本流程：首先将基因组DNA随机打断成150-200bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库。文库经纯化后经过LM-PCR的线性扩增与SureSelectBiotinylatedRNALibrary(BAITS)进行杂交富集，再经过LM-P

5、CR的线性扩增，文库检测合格后即可上机测序（Hiseq2000测序仪）。对每个捕获文库进行高通量测序并保证测序深度达到要求，原始图像文件经过Illumina21外显子组测序结题报告basecallingSoftware1.7进行碱基读取，获得读长为90bp双末端序列（reads）。2.2NimbleGen液相捕获平台图2.2NimbleGen外显子捕获和测序流程基本流程：首先将基因组DNA随机打断成200-300bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库。文库经纯化后经过LM-PCR的线性扩增与Bioti

6、nylatedDNALibrary进行杂交富集，再经过LM-PCR的线性扩增，文库检测合格后即可上机测序（Hiseq2000测序仪）。对每个捕获文库进行高通量测序并保证测序深度达到要求，原始图像文件经过IlluminabasecallingSoftware1.7进行碱基读取，获得读长为90bp双末端序列（reads）。21外显子组测序结题报告2.3生物信息分析流程测序完成之后，下机数据为fastq文件格式，随后对数据进行信息分析，分析流程如下：ReferencegenomeReadspassingqualityfilt

7、erMappingwithSOAP2AlignmentExomeregionFlankingregionAnalysisSummaryofeffectivedataeffectivedataSNPs/InDelsdetection&annotationPersonalizedbioinformaticsanalysiseffectivedata图2.3外显子测序信息分析流程（1）SOAPaligner是华大自主研发的比对软件，用于将高质量的原始reads比对到参考基因组上，详细说明见信息分析软件及参数介绍部分，或者登录

8、网站http://soap.genomics.org.cn/，仅比对到参考基因组的reads用于后续分析。（2）计算得到的Coverage和Depth是指目标区域的覆盖度和测序深度，计算时所用的数据是所有比对到参考基因组的reads。21外显子组测序结题报告3分析报告结果3.1标准生物信息分析3.1.1数据产出统计基本数据分析统计