原子分子物理中用高斯画态密度图的方法

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1、用GaussSum用高斯画态密度图的方法1、用实验室现成的GaussSum做DOS图时，发现log文件过大分析不了，下载到最新版本的问题就解决了。2、经常出现cclibhasproblemsparsing***.log问题，检查自己的log文件是否完整。3、关于做PDOS（重点哈），做单点能计算时必须要有pop=fulliop(3/33=1,3/36=-1),关键字，这在GaussSum帮助文件和例子里面写得很详细。至于做PDOS的时候，需要有group.txt文件，选择做atoms时，具体的两个要求是每个原子要列出以及所列原子不能重复，这里我还得补充一点group.txt格式，atoms

2、part1（你所想要分析的某个分子部分）1-5,8-20,30（该部分原子序号）part26-7,21-29,31-33（注意了，直接保存就可以，下面不能有空行，我被这个给整惨了）在选择用orbitals时，大致一样，唯一不同就是不必列出所有的轨道。4、就以上例子分析，我要的结果是part1和part2的PDOS,但GaussSum做出来的part1和part2的图的结果是part1和total（图上显示的是part2，经过数据对比很明显就是total）或者part2和total（同理），估计是我下载的软件bug，但可以从它产生的DOSSpectrum.txt文件（里面有你想要的part1

3、，part2，total）提取数据在origin里面作图，结果就很好了。5、在做COOP时，和做PDOS一个样。关于做其他图，遇到的问题就没什么了，只要你的log文件没错，基本就okay！WorkedExampleDescriptionAstudyoftheelectronicstructureandvibrationalspectrumof1,4-divinyl-benzene(attheB3LYP/STO-3Gleveloftheory)usingGaussian03W.12ConfiguringGaussSumIopenedtheSettingsdialogbox,byclickin

4、gonFile/Settings,andverifiedthatthelocationoftheGnuplotexecutablewascorrectbyclickingontheTestbutton.Geometryoptimisation·Inputfile: [PhCCCC_gopt.gjf]·Partialoutputfile: [PhCCCC_gopt_partial.out]·Completeoutputfile: [PhCCCC_gopt.out]DuringtheinitialSCFcalculation,IranGaussSum("MonitorSCF";defaults

5、;PhCCCC_gopt_partial.out)toseewhetherthecalculationwasconverging.Theresultisshownbelow.Thelineisheadingtowardszero,whichindicatesthattheSCFisconverging.12Theprogressofthegeometryoptimisationwasalsomonitoredduringthecalculation.Thegeometryoptimisationproceededsmoothlytoanenergyminimumasshownbythegr

6、aphbelow("MonitorGeoOpt";defaults;PhCCCC_gopt.out).Molecularorbitalinformation·Inputfile: [PhCCCC_gopt.gjf]·Outputfile: [PhCCCC_gopt.out]·GaussSumoutputs: [gausssum2.1/orbital_data.txt] [gausssum2.1/DOS_spectrum.txt]Iextractedthemolecularorbitalinformationfromtheoutputfileofthegeometryoptimisation

7、("Orbitals";defaults;PhCCCC_gopt.out).Molecularorbitalinformationwaswrittentotheorbital_data.txtfileinasubdirectorycalledgausssum2.1.Informationonthefrontierorbitalsisshownbelow.MOeVSymmetry40L+47.42BG39L+34.96AU