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1、园艺学报2014,(4111):2329–2341http://www.ahs.ac.cnActaHorticulturaeSinicaE-mail:yuanyixuebao@126.com鸟巢蕨转录组高通量测序及分析*贾新平,孙晓波,邓衍明,梁丽建,叶晓青(江苏省农业科学院农业生物技术研究所,江苏省农业生物学重点实验室,南京210014)摘要:采用新一代高通量测序技术IlluminaHiSeq2000对鸟巢蕨转录组(Aspleniumnidus)进行测序,共获得29254595个序列读取片段(reads),包含了5908586517个碱基序列(bp)信息
2、。对reads进行序列组装,共获得42907个单基因簇(Unigene),平均长度936bp,序列信息达到了40.16Mb。数据库中的序列同源性比较表明,24993个Unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支,其中有大量的Unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将Unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为24类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。SSR位点查找发现
3、,从42907个Unigene中共找到6067个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。针对这些序列,设计了20对引物进行了扩增效率和多态性检测,其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。关键词:鸟巢蕨;转录组;生物信息学;功能注释;SSR中图分类号:S68文献标志码:A文章编号:0513-353X(2014)11-2329-13SequencingandAnalysisoftheTranscriptomeofAspleniumnidus*JIAXin-ping,SUNXiao-bo,DE
4、NGYan-ming,LIANGLi-jian,andYEXiao-qing(ProvincialKeyLaboratoryofAgroBiology,InstituteofAgro-biotechnology,JiangsuAcademyofAgriculturalSciences,Nanjing210014,China)Abstract:ThetranscriptomeofAspleniumniduswassequencedbyIlluminaHiSeq2000platformthatisanewgenerationofhigh-throughputs
5、equencingtechnologytostudytheexpressionprofilingandpredictthefunctionalgenes.Thetargetsamplesequencing,atotalof29254595readsfragmentcontains5908586517bpinsequenceinformationweregenerated.Atotalof42907unigenescontains40.16Mbinsequenceinformationwereformedbyinitialsequencesplicing,w
6、ithanaveragereadlengthof936bp.24993unigeneswereannotatedusingBLASTXsearchesagainsttheNrandSwissProtdatabases.Inthisstudy,allassembledunigenescanbebroadlydividedintobiologicalprocesses,cellularcomponentsandmolecularfunctioncategoriesof51branchesbygeneontology,includingmetabolicproc
7、ess,binding,catalyticactivityandcellularprocess.UnigeneswerefurtherannotatedbasedonCOGcategory,whichcouldbegroupedinto24functionalcategories.KEGGpathwayanalysisshowedthatunigenescanbebroadlydividedinto116classesaccordingtothefunction.Therewere6067SSRin42907unigeneswere收稿日期:2014–07
8、–21;修回日期:2014–09–15基金项目:江苏省农业科技自主
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