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1、90微生物学杂志2006年5月第26卷第3期JOURNALOFMICROBIOLOGYMay2006Vol.26No.3细菌基因组重复序列PCR技术及其应用*刘佳妍,金莉莉,王秋雨(辽宁大学生命科学系,辽宁沈阳110036)摘要细菌中散在分布的DNA重复序列近年来不断被报道,基因外重复回文序列和肠细菌基因间共有重复序列是两个典型的原核细胞基因组散在重复序列。重复序列在染色体上的分布和拷贝数具种间特异性,用它们的互补序列作为引物,以细菌基因组DNA为模板进行PCR扩增反应,反应产物的琼脂糖电泳可以提供非常清晰的DNA指纹图谱,使用此图谱既可对各种微生物进行快速分型及鉴定,
2、又可对它们进行DNA水平上的遗传多样性分析。细菌基因组重复序列PCR技术具有简捷、快速、结果稳定等特点,可对细菌进行分子标记,用于菌株分型、分类鉴定和亲缘关系等方面的研究。关键词细菌;重复序列PCR;分类鉴定中图分类号Q93文献标识码A文章编号1005-7021(2006)03-0090-04Repetitive-ElementPCRofBacteriaandItsApplicationLIUJia-yan,JINL-ili,WANGQiu-yu(Dept.ofLifeSci.LiaoningUniv.Shenyang110036)AbstractDispersedre
3、petitiveDNAsequencesinbacteriahavebeencontinuouslyreportedrecently.RepetitiveEx-tragenicPalindromic(REP)elementsandElectro-BacterialRepetitiveIntergenicConsensus(ERIC)sequencesaretwosynthesizedprokaryoticrepetitiveelements.Distributionoftheelementsinchromosomeandcopiespossessesin-terspec
4、ificspecificity,usingtheircomplementaryfeatureasaprimerandgenotypicDNAofbacteriaasatemplatetocarryoutPCRamplificationreaction,theagarosegelelectrophoresisofthereactionproductscouldprovideclearDNAfingerprintforrapidanalyzingdifferentbacterialspeciesandstrains,andcouldcarryoutdiversityanal
5、ysisoftheirge-netic.Bacteriarepetitive-elementPCRtechniqueisasimple,fast,stableinresult,andcanbeusedasmoleculemarkertostudymolecularclassification,identification,andphylogeneticrelationshipofstrainsandspecies.Keywordsbacteria;repetitive-elementPCR;classificationandidentification1细菌基因组重复序
6、列PCR技术扩增,通过对PCR产物电泳结果的比较,分析菌介绍株间基因组存在的差异。目前在细菌的基因组中已发现10余种可用于细菌基因组重复序列PCR近年来,基于PCR的多种新技术已广泛应用的短重复序列,研究报道最多的是基因外重复回于生物遗传多样性的分析,尤其是细菌基因组重文序列(RepetitiveExtragenicPalindrome,REP)和复序列PCR(repetitive-elementPCR,rep-PCR)技肠细菌基因间共有重复序列(Entero-bacterial术的出现和使用,使得细菌菌株的分子标记、亲缘RepetitiveIntergenicCons
7、ensus,ERIC)二种重复[1]序列[2]。这是因为它们在细菌基因组中存在着菌关系、多样性等方面的研究变得简易、快速。rep-PCR技术是一种以DNA序列为基础的分型株、种、属水平上的分布和拷贝数量的差异,而序手段。它是利用细菌基因组中广泛分布的短重复列本身在进化过程中又具有较强的保守性,非常[2]序列(repetitivesequences)为引物的靶序列PCR适合作为PCR引物的对象。因此,ERIC-PCR收稿日期:2005-10-20作者简介:刘佳妍女,硕士研究生。研究方向为分子微生物学。*通讯作者3期刘佳妍等:细菌基因组重复序
