细菌基因组内分类特异性寡核苷酸重复序列的研究

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1、1D22130硕：：f二。学学校代码：如2稻学号：032019029细菌囊一鳓魏瞧分冀特异性寡核尊羧重复尊列鲍研究塑銎塑一凝爨态物理夏立指导教师-郝柏林教授宅}次日期．300‘年．¨亏10日擎，欠留一缀摘要用计算生物学方法，我们对已测序的细菌完全基因组中的寡核苷酸重复序列作了详细研究。虽然重复序列在细菌基因组中所占比重不大，但它们仍然普遍存在，并且与细菌的生物许多功能密切相关。我们的研究表明，有些寡核苷酸重复序列在保持较高复制份数的同时具有很强的分类特异性。普遍在12个碱基的长度左右，一些特殊的寡核苷酸序列就已经可以成为细菌属一级

2、的特征序列。更长的寡核苷酸序列会更特异，往往能够成为细菌种，甚至是菌株的标签序列。我们在古细菌和真细菌中，分别给出了一些不同分类特异级别的单例。由于计算结果数据量庞大，很不直观，为了更好的共享研究结果，我们搭建了Ts0R服务器，提供即时的对于特异性寡核苷酸重复序列的查询，论文中给出了查询的范例。同时，这样的TsoR序列由于同时具有在基因组内较高的复制份数和限制分布在某一分类的细菌中的双重特征，使他们成为设计具有偏向性的全基因组扩增引物的很好候选。关键词细菌基因组重复序列数据服务器VABSTRACTUsingmec唧utadonal

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6、noIIlesRepeatsDatabaseV1论文独创性声明本论文是我个人在导师指导下进行的研究：[作及取得的研究成果。论文中除了特别加以标注和致谢的地方外，不包含其他人或其它机构已经发表或撰q过的研究成果。其他同志对本研究的启发和所做的贡献均已在论文中作了明确的声明并表示了谢意。作者签名：j≥～嘲：论文使用授权声嘲删：哆e鼍本人完全了解复旦大学有关保留、使用学位沦文的规定，即：学校有秘保留送交沦文的复印纠‘，允许论文被畚阅和储睡；学校可以公靠沧文的全部或部分内符，吲斟采用影剐、缩鼋J或其它复冷l手段保存论文。保密的沦文在解密后

7、遵守此翘定，储躲一勉副一翻够嘲一碰堑够第一章绪论1．1细菌基因组进展细菌生物(真细菌和古细菌)是生物圈的重要组成部分。自从三十多亿年前，细菌作为墁古老的生物诞生于地球，到现在，它仍是地球上分布最广，适应性最强的生物【1】。作为个体的细菌是相对弱小的生物，但他们的集体作用却巨大的影响着地球生境和人类生活。有些细菌种类因为能引发严重的人类疾病而被我们所熟知。这其中包括导致某种流感的H口em叩h池sf研“e啷e，导致肺炎的妣p幻∞cc淞朋P“聊n肠P，导致某些事物中毒的受印缈如∞ccf属等。但有更多的细菌是对人类友善和有利的。其中就有很

8、多作为分解者的细菌，生存在土壤，江河湖海底，把生物体中的化学元素以无机物的形式归还到自然环境中去。如果没有这些分解者细菌，所有真核生物必将灭绝，而相反细菌仍可以自由的生活下去。正是因为细菌对于人类健康，生态环境和能源的重要性，并且细菌的基因组相对于