利用R语言绘制韦恩图.docx

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1、利用R语言绘制韦恩图(2012-12-1621:10:22)有关韦恩图的说明请参见维基百科,此处就不再赘述了。R中提供了多个可用于绘制韦恩图的软件包,本文主要是介绍的是VennDiagram包。首先加载相应的软件包:library(VennDiagram)生成几个集合并计算各个集合及其相互交集的大小:A=1:150B=c(121:170,300:320)C=c(20:40,141:200)Length_A<-length(A)Length_B<-length(B)Length_C<-length(C)Length_AB<-lengt

2、h(intersect(A,B))Length_BC<-length(intersect(B,C))Length_AC<-length(intersect(A,C))Length_ABC<-length(intersect(intersect(A,B),C))利用通用函数venn.diagram绘制两个集合的韦恩图:T<-venn.diagram(list(A=A,B=B),filename=NULL,lwd=1,lty=2,col=c('red','green'),fill=c('red','green'),cat.col=c('

3、red','green'))grid.draw(T)其中,参数filename指定用于保存图形文件的文件名,如果希望在当前的图形窗口中看到绘制的韦恩图,则filename必须为空;若希望将绘制的图形直接保存为某文件,则直接使用venn.diagram(...,filename='*')即可完成。参数fill表示各个集合对应的圆的填充颜色,col表示对应的圆周的颜色,而cat.col则表示集合名称的显示颜色。lwd用于设定圆弧的宽度,lty用于设定圆弧的线型。参数rotation.degree则可用于调整图形的旋转角度。利用函数ven

4、n.diagram绘制三个集合的韦恩图:T<-venn.diagram(list(A=A,B=B,C=C),filename=NULL,lwd=1,lty=2,col=c('red','green','blue'),fill=c('red','green','blue'),cat.col=c('red','green','blue'),reverse=TRUE)grid.draw(T)从上面的两个例子可以看出函数venn.diagram是利用集合作为参数绘制韦恩图的,但是有时候我们并不知道各个集合都包含什么元素,而只知道集合及相互之

5、间交集的大小,这个时候如何绘制韦恩图呢?包VennDiagram还给我们提供了另外几个函数:绘制两个集合的韦恩图的draw.pairwise.venn,三个集合的draw.triple.venn,四个、五个集合的draw.quad.venn、draw.quintuple.venn。我们此处只介绍前两个函数的用法。利用函数draw.pairwise.venn绘制两个集合的韦恩图:draw.pairwise.venn(area1=Length_A,area2=Length_B,cross.area=Length_AB,category=

6、c('A','B'),lwd=rep(1,1),lty=rep(2,2),col=c('red','green'),fill=c('red','green'),cat.col=c('red','green'),rotation.degree=90)其中area1指第一个集合的大小,area2指第二个集合的大小,而cross.area则指交集的大小。参数category用于指定集合名称。其余参数与venn.diagram相同。利用函数draw.triple.venn绘制三个集合的韦恩图:draw.triple.venn(area1=L

7、ength_A,area2=Length_B,area3=Length_C,n12=Length_AB,n23=Length_BC,n13=Length_AC,n123=Length_ABC,category=c('A','B','C'),col=c('red','green','blue'),fill=c('red','green','blue'),cat.col=c('red','green','blue'),reverse=FALSE)同draw.pairwise.venn类似,area1、area2、area3分别指第一个、

8、第二个、第三个集合的大小。n12表示第一个与第二个集合的交集大小,n23、n13也是类似,n123指三个集合的交集大小。reverse则指是否对图形进行反转。,

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