structure和tassel使用粗略步骤.pdf

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1、zájiāojīngdàoBy杂交粳稻2012-1-12根据目的不同，图示基因型有两种常见的制作方法。一、使用软件GGT。使用方法可以查看Menu，当然这里还是要简要介绍一下的。这种方法通常用于查看作图群体，比如RIL，F2的图示基因型。其中的染色体/连锁群的长度是根据你所使用的标记构建的连锁群确定的，与染色体实际的长度并不同。下面以水稻为例介绍。1，打开GGT软件，首先弹出下面这个窗口。这时你可以打开已经做好的.ggt格式的文件，查看图示基因型。也可以制作.ggt格式的文件。一下内容主要介绍.ggt格式文件的制作。2，打开“file”，选择其中的“BuildGGTfile…”。弹出下面

2、的窗口。3，点击“Loadmarkermaps”，输入map文件。Map文件格式如下：Map文件实际就是染色体的信息，标记及其对应的遗传距离的信息。在txt文档中保存，然后把后缀名改成map就行啦。4，这时原来灰色显示的“LoadLocusdata”变的可选，点击它，输入.loc文件。Loc文件格式如下：Loc文件其实就是你跑胶的结果。5，点击“Mergedata”，.ggt文件就做好了。然后保存就可以啦。输出的.ggt文件如下：6，用GGT软件打开就可以浏览这个群体的图示基因型了。二，手工制作图示基因型下面介绍一种适用于NIL或其他类似用途的图示基因型做法。这种方法做出的图示中染色体的

3、长度可以由你自己定，通常我们根据染色体的实际大小来做。下面仍然以水稻NIL为例。假设这个NIL的8号染色体的50cM出有个目标基因。我们需要做的就是把这个位点在12条染色体中表示出来。1，确定染色体的长度。水稻各条染色体的长度如下：（大致的长度）Chr123456789101112cM181.8157.9166.4129.6122.3124.4126.3118.6121.293.583.8109.52，打开EXCEL，规定1个小格为10cM。当然你也可以规定1个小格为1cM。这个主要根据需要而定。很明显，一个小格代表的遗传距离越小，做出的图示基因型越精确。对于1号染色体181.8的长度，

4、我们就需要18个小格就可以啦。各染色体以此类推。其中有一个要注意的是每条染色体都有两条染色单体，因此我们在制作的时候每天染色体都用两列。由于除8号染色体外都不需要目标标记，因此8号染色体以外的其他11条染色体就可以合并单元格了。如下图。3，由于8号染色体50cM出有个目标标记，因此我们在8号染色体的第5个小格处把背景改成黑色。其他部位就可以合并单元格了。如下图。4，现在把各条染色体分开。每条染色体之间插入列就行啦。为了美观，把代表染色体的单元格的宽度调为2.如下图。5，把代表染色体的单元格的背景改成粉色，染色体之间的单元格合并，同时把染色体的名字去掉。（这一步纯属美观）如下图。哎呀，还要

5、记得把代表染色体的单元格的边框变成实线哦。这一步最好在第4步做。我也懒得修改啦。哈哈。6，现在图示基因型已经初见端倪啦。似乎不美观。如果你把列宽调成0.92，你会有惊奇的发现。接下来做的就是用截图工具把这个粗糙的图示基因型剪下来，在作图工具（windows附件里的“画图”工具就行）中把虚线涂掉就可以啦。最后的效果图如下。structure软件的作用：分析一个品种个体分成几个亚群类似分成几个亲缘关系的群体。目的是将一个品种的所有单株分成几个亚群structure软件：（防止出现假阳性：只用分子数据）→Q值→将个体Q作为协变量（回归系数）→Tassel2.0软件：用表型数据和分子数据，GLM

6、回归方程式→ai=:选择优异的等位变异，为优异（关联标记）后，利用所有该带型的植株的性状平均值减去所有不含该带型的植株的平均性状值，正值为优异的。关联分析structure软件的使用步骤：一、file→newproject→step1①nametheproject自定，②目录（文件夹）→准备存放位置③打开（数据）文件（固定格式）step2①个体数（群体）②倍性为2③标记数④缺失的带→写9step3选第一个：用行表示标记的名称（excel格式中行为标记名称）step4都不选，直接点finish→点proceed，后出现数据框。二、点parameterset(参数设置)→new→runlen

7、gth1、500002、100000这是习惯设置，可自行设置，但不能小于50000→ancestrymodel选useadmixturemodel（混合模型）→allelefrequencymodel选第二个（independence,独立的等位基因的频率）→advanced选第一个（compute）→ok→自己设定（一个参数设定名称）三、点project→startajob→选中所要运行的数据（前面输入的）填写stepKfrom2