Structure、Clumpp和Distruct软件的使用指南.pdf

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1、Structure-Clumpp_Distruct简易使用指南一、数据准备1.毛细管电泳的数据，经过Genepop检查，更正读带错误，比如双碱基变异的引物，丌可能出现单碱基变异。2.在Excel中通过分列，将等位基因数据分两列显示，再通过条件排序，将同一个体的数据上下相邻，个体编号从小到大。3.将结果另存为文本文件（制表分隔符）。二、Structure运行1.打开数据File-newproject–命名、选择存放结果的文件夹、选择输入文件–输入个体数、倍性、所用位点数、缺失值的表示值–Rowofmarkername–I

2、ndividualIDforeachindividual–一直点继续2.参数设置Parameterset–New–LengthofBunrinPeriod一般设10万，NumbersofMCMCRepsafterBunrin一般设100万（前者为后者的10-25%）-命名所设参数。3.开始运行Project–Starajob–出来如下对话框，选中所命名的参数（图中1），K必须从1开始，上限根据自己的居群来定，每个K跑的重复次数（Numberofiteration）一般设为10.点击Star运行4.数据保存当运行结束，在

3、观测运行参数的窗口（SummaryofSilulations）左上角点File，将结果另存为txt文件,其必须保存在不运行结果同一文件夹内。也可重新打开程序，File–Openproject–选择自动生成的.spj文件，再另存为txt三、结果分析1.确定合适的K值将另存为的txt文件用Excel打开保存为Excel格式，分列，保留K不LnP两列，计算Ln平均值(A-Ln)，Ln标准差(ΔLn)，B值（A-Ln后一个减前一个），C值(B值前一个减后一个)，D值（C值的绝对值），ΔK（D值/ΔLn），然后绘制ΔK随K的变化

4、曲线，拐点所对应的K即为合适值。（也可对ΔLn做随K的变化曲线，拐点对应值即为合适值）2.运行CLUMPP2.1将运行结果Results文件中对应最合适K值的结果文件（n1-n9,n=0,…）复制到新文件夹，将每个文件中Inferredancestryofindividuals下面的结果复制到Excel中，分列（带括号的一列分列时用文本格式保留括号），做适当修改，另存为文本文件（制表分隔符）2.2将保存的txt文件后缀改为.indfile，同时将CLUMPP的自带文件paramfile中的参数做相应更改，将CLUMPP

5、.exe，##.Indfile和paramfile放在一个文件夹中，双击程序运行2.3将自动生成的.outfile文件中的数据复制到Excel中，分列后仅保留样品不每组频率列，选中所有样品频率列，用条件格式将每列最大值用颜色标注出来。四、图像生成（Distruct1.1）1.准备casia.indivq文件。将CLUMPP的结果文件.outfile打开，做成格式如下前三列来自.outfile结果，第四列表示第几个居群，冒号后为每组的频率（本例中分了7组）2.准备casia.languages文件，给每个居群命名，名字出

6、现在结果图上方3.准备casia.names文件，不第二步一样，但名字显示在结果图的下方4.准备casia.perm文件，即定义每个显示分组的颜色。5.准备casia.popq文件，第一列为居群序号，后面为各组的频率（此频率为每个居群内，所有个体的平均数），最后一列为居群的个体数。6.casia_f文件是以上各个文件中包含信息的汇总，前半部分信息来自Structure的结果文件，如##_run_10_f。7.drawparams文件为参数文件，用word方式打开，编辑对应信息，特别是下面三项，如8.准备好文件后，双击d

7、istructWindows1.1.exe运行，闪一下，结果写入casia.ps文件，.ps文件可在CorelDRAW等图像软件中打开和编辑。注意：所有过程中，尽量将输入数据，运算结果等都放在一起，或放在相应软件的根目录下。