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1、地高辛标记核酸探针的标记方法核酸探针已被广泛用于筛选重组克隆、基因多样性的种性检测和真菌种群内及种群之间的系统发育关系评价。最早使用的放射性同位素标记核酸探针具有敏感性高、特异性好、分辨力强的特点，但放射性同位素标记也存在着一系列令人困扰的问题,如成本高、探针半衰期短、放射性物质危害人体健康等。而且在进行放射性同位素标记实验时,需要有专门的实验室及相应的实验保护设施，还需要由经过培训的专业人员来操作,因而限制了在普通实验室进行分子生物学实验。 近几年发展起来的非放射性核酸探针大多通过酶促、光化学和化学手段掺入一种报
2、道基团,这种报道基团可通过高灵敏度的冷光、荧光或金属沉淀等检测系统检测。另外,应用pH电极或感应器技术的电化学检测系统也有报道。在这些检测系统中,灵敏度最高的是生物素-亲合素检测系统和半抗原-抗半抗原地高辛检测系统。由于生物样品中常含有内源性生物素及生物结合蛋白，生物素标记的核酸探针会发生一些非特异性结合，从而影响实验效果。与生物素-亲合素系统同样具有高灵敏度，却减少了非特异性结合的地高辛检测系统，已为人们所接受,并得到广泛的应用。地高辛(Digoxigenin,DIG)又称异羟基洋地黄毒甙元，是一种类固醇半抗原分子
3、。其化学结构如图1所示。采用人工方法可以将地高辛的线型间隔臂与dUTP连接起来,形成DIG-11-dUTP，通过随机引物法或PCR法将其掺入到DNA探针中。RNA探针的标记是使用噬菌体信息编码的RNA聚合酶，通过体外转录将DIG-11-dUTP掺入到RNA探针中。寡核苷酸探针的标记则是通过末端转移酶催化，在3'末端加上DIG-11-dUTP/dATP或DIG-11-ddUTP尾巴。对于目的DNA或RNA来说，分子杂交后,杂交部分可通过ELISA实验程序加以检测，即加入一种结合有碱性磷酸酶的地高辛-特异性抗体，它与地高
4、辛半抗原分子形成酶联抗体-半抗原(DIG)复合物，再加入相应的显色底物，使杂交部分得以显示。1 地高辛标记核酸探针的主要标记方法1.1 DNA探针的标记方法1.1.1 PCR掺入法 这种标记方法是通过聚合酶链式反应，在Taq酶的作用下，将DIG-11-dUTP掺入到新合成的DNA链中。以本法标记的探针不但灵敏度高，产量也很高。少量的基因组DNA(1ng～50ng)便可直接通过PCR进行扩增、标记。1.1.2 随机引物法 用随机引物法可将DIG-11-dUTP标记于DNA链上。为得到最佳标记效果，标记前模板DNA需作线
5、性处理，而且至少要用苯酚-氯仿进行一次抽提，再用乙醇沉淀。100～10000碱基的模板链均可被有效地标记，但大于10000碱基的模板链则需要在标记前作限制酶切消化。处理好的模板加入随机引物，按碱基互补原则，随机引物与模板DNA退火后由Klenow片段从引物3'端延伸引物，便可将DIG-11-dUTP均匀掺入到新合成的DNA链中。1.1.3 切口平移法 切口平移法DNA探针技术快速简便，且已非常成熟。先用适量的DNaseI在双链DNA上打开若干个单链缺口，然后在E.coliDNA聚合酶I的5'-3'外切活性和聚合活性的
6、共同作用下，在缺口的5'端切除单链DNA序列，随之由新合成的带有地高辛标记的脱氧核苷酸链取代。本法适用于环形DNA或大于1kbDNA片段的标记。用于原位杂交的核酸探针，通过切口平移法标记最为有效。因为此方法可通过控制DNaseI的酶活性得到适当的缺口，从而得到长度大小适宜的探针，而探针的大小是原位杂交的一个重要参数，足够小的探针才可能穿透组织或细胞。1.2 寡核苷酸探针的标记方法合成的寡核苷酸探针被广泛应用于筛选基因文库、Southern印迹、Northern印迹、斑点印迹及原位杂交试验。地高辛标记寡核苷酸有三种方法
7、:3'末端标记、5'末端标记以及在探针3'端加上数个DIG-11-dUTP分子的尾巴(图2)。1.2.1 3'末端标记法 3'末端标记法的主要特点是在每个合成的寡核苷酸(长度为14～100bp)的3'末端只添加一个地高辛残基(DIG-ddUTP)。用此方法标记寡核苷酸时,除末端转移酶外,无需其它特别的寡核苷酸合成试剂,方便快捷。所合成的探针适合于要求探针具有较高的特异性而灵敏度一般的试验,如Southern印迹、Northern印迹、斑点印迹及菌落P噬菌斑杂交实验。1.2.2 5'末端标记法 5'末端标记法是通过化学
8、方法将地高辛标记于寡核苷酸的5'末端。首先在5'末端连接上一个氨基连接臂残基,将合成的寡核苷酸纯化后,再使DIG-NHS与5'末端的氨基残基发生共价结合,从而形成标记探针。这类探针的一个主要优点是其3'端在DNA合成反应中充当引物,使反应产物得以标记。1.2.3 3'末端加尾法 3'末端加尾法是由末端转移酶在探针3'末端加上数个地高辛残基的尾巴
