细胞信号通路的时间空间动态性研究

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1、固密级中国科学院大学Universi堪ofChineseAcademyofSciences博士学位论文细堕焦昱遁蹬的吐间窒间动查筐班塞作看姓名：衄题指导教师：奎銮堂班塞虽生国垂E堂瞳上盘生金科坐班塞随学位类别：堡堂擅±学科专业：生物信皇堂培养单位：生国科堂睦土盘生金科坐班基隧2013年5月ByYingHeADissertationSubmittedtoUniversityofChineseAcademyofSciencesInpartialfulfillmentoftherequirementForthedegreeofDoctorofScienceShanghaiInstitute

2、sforBiologicalScience,ChineseAcademyofSciencesMay,2013回忆五年前曾在一个暴雨过后的下午，阳光忽然间就撒入了这边宁静的院子。那天我第一次来到生科院，准备参加硕博士连读的入学的面试。第一次来到这里就被吸引，喜欢雨后天晴的那种清新，静静的透着书卷气。那一天我被录取了，感激老师给我一次机会，让我能够继续在这片宁静的院子里学习深造。回想起五年来的点滴，很感概，以此纪念并致感谢。首先要感谢我的导师李亦学研究员，给了我进一步深造的机会，让我真正了解了生物信息这个领域。也感谢李老师给学生们提供了非常多的国际合作交流的机会，能够使我们通过与国际优秀

3、实验室的合作，得到更多的锻炼和成长。衷心感谢上海生物信息技术研究中心的谢鹭研究员，感谢她对我工作上的悉心指导。早在本科毕设的时候，我就在谢鹭老师的课题组做课题，一直以来挺喜欢我们这个课题组的，老师有着温柔的气质，大家讨论氛围都非常好。曾记得在工作投稿不顺时，谢老师帮我整理工作的逻辑，深化工作意义并且不厌其烦地修改论文，直到最终发表。并且她一直鼓励我们说读博士就是一所挫折学校，跨过了这道坎，以后的人生道路就不会害怕各种挫折了。还要感谢德国亥姆霍兹研究所的王睿老师，感谢她在我去德国合作交流期间对我生活上的关心以及工作上的指点。感谢她多次邀请我们去她家做客，并且邀请我一起参与研究所的各种学

4、术交流活动，使我更快的融入当地的氛围。同时也要感谢分子流行病研究所所长ThomasIllig教授以及LudwigMaximilians大学的精神病研究所所长DanRujescu教授，他对我工作的指点与肯定，让我在学术研究中有更多的进步。感谢李虹师姐，屠康师兄，交大的李婧老师他们是我的榜样，在我刚刚踏入科研开始的时候，给了我很多意见和帮助，让我知道如何做好科研，如何脚踏实地的坚持完成科研任务。感谢和我一起工作过的同学们，谢谢张梦欢，孙涵，郁健，袁卫兰，李晶，何飞，和你们一起工作一起生活很开心，午饭后除了悠闲的散步，也有人专业指导的乒乓陪练。同时也感谢上海生物信息技术研究中心张国庆老师课

5、题组，鞠元虎，吕大庆在技术上的支持，大家合作的非常愉快。感谢研究生部的林怡苹、王蔷和许华等老师，为我们学生提供了很多帮助。特别感谢我的父母，谢谢你们永远支持着我。你们永远是我的港湾，无论我今后会飘洋过海生活在世界的哪个角落，你们永远让我感到安全和温暖。舍不得你们。还要特别感谢我的老公余中皓，虽然我们相隔很远，但是彼此把挂念留在心中。谢谢老公在我需要的时候安慰我陪伴我，让我不再为挫折流泪，学会有一颗强大的内心面对困难。感谢你在各种事情上给予我的指导和帮助，记得在德国时你口口相传教我怎么写论文，收益颇多。谢谢老公对我各种大小决定的大力支持，让我无比幸福。每次在生科院里漫步，总让我怀念和你

6、打电话的角角落落，还有曾经一起拍婚纱照的此情此景。感谢所有关心过我的老师、同学和朋友们，你们给予我信心和力量。最后，感谢在百忙之中参与答辩的各位老师。2013年5月于上海生命科学研究院细胞信号通路的时间空间动态性研究何颖(生物信息学)导师：李亦学研究员细胞的信号通路是生命活动中非常重要的功能，其主要掌控细胞与外界环境的交流与应答。环境中的信号分子，通过结合细胞膜表面的受体传递到胞内，然后通过信号传递网络的级联效应，最终激发细胞对外界刺激做出相应的响应。信号传递网络是一个非常复杂且精细的系统，其精细的调控机制能够使网络中的分子在合适的时间合适的地点发挥作用。一旦该系统被打破则会导致疾病

7、的发生，如癌症等。本文主要研究的课题是信号传递网络在时间和空问上的动态性。文章涵盖三个方面内容：信号传递网络在组织细胞类型上的空间分布：磷酸化介导的信号传导网络的时序动态性：癌症中的信号通路以及肿瘤蛋白质组学数据积累。基于蛋白质在组织细胞中表达分布的差异，我们引入“生物背景特异”的信号网络(“context-dependent”signalingnetworks)的概念，来研究细胞膜上受体及其下游的信号网络在不同组织细胞类型上的空间分布情况。我们发现信号通