鲳属鱼类的线粒体基因组演化及银鲳的遗传多样性分析

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1、学校代码：10264研究生学号：M120302592上海海洋大学硕士学位论文鲳属鱼类的线粒体基因组演化及银鲳的遗传多样题目：性分析MitochondrialgenomeevolutionofPampusfishes英文题目：andgeneticdiversityofPampusargenteuspopulations专业：渔业资源研究方向：种质资源与群体遗传姓名：孙丹丹指导教师：程起群研究员二O一五年四月十日上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注主席委员委员委员委员委员委员秘书答辩

2、地点答辩日期上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子

3、版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文鲳属鱼类的线粒体基因组演化及银鲳的遗传多样性分析摘要银鲳（Pampusargenteus）在中国各大海域（南海、东海、黄海及渤海）沿岸都广泛分布，但是随着捕捞量的逐年增加，消费需求的急剧增长，环境污染的不断恶化，银鲳野

4、生资源量不断减少，可捕捞量呈显著下降的趋势。本研究测定和分析了银鲳的线粒体全基因组和鲳属鱼类的线粒体全基因组，开发了银鲳26个多态微卫星标记，从中我们筛选了15个多态微卫星标记分析中国沿海8个银鲳群体的遗传多样性。通过分析银鲳的线粒体全基因组结构和种群遗传多样性，可以更好的认识银鲳物种的进化潜力、种群遗传状况，为银鲳资源的保护和合理开发提供有力的理论支持，促进银鲳资源的可持续发展。1.银鲳线粒体全基因序列的测定和结构分析应用PCR直接测序的方法获得了银鲳（Pampusargenteus）的线粒体全基因组序

5、列，银鲳线粒体全基因组序列全长为17098bp，主要包括2个非编码区（OL区和D-loop区），2个rRNA基因，23个tRNA基因和13个蛋白质编码基因。全基因组的碱基含量为A30.35%，C25.55%，G15.28%，T28.82%，并且A+T为59.17%，存在明显的AT偏好性。大都数基因都位于重链上，其中ND6和8个tRNA基因位于轻链上。ND6，COXI和ND4的起始密码子为GTG，大多数蛋白质编码基因的起始密码子是ATG。其中ND5，ND4和COXII的终止密码子为T，蛋白质编码基因的终止密

6、码子主要类型为：AGA，TAG和TAA。随着银鲳资源的日渐减少，银鲳线粒体全基因的测定将有利于银鲳物种资源的保护，同时也有利于鲳属鱼类的分子进化分析和物种鉴定。2.鲳属鱼类线粒体全基因组序列的测定和结构分析在本次研究中，将线粒体全基因组作为分子标记来研究5种鲳属鱼类的系统发育关系。五种鲳属鱼类的线粒体全基因组长度在16535到18062之间，灰鲳、翎鲳和中国鲳分别含有22个tRNA基因，而银鲳和珍鲳则分别含有23个tRNA基因。在线粒体全基因组组成上，珍鲳有2个D-loop区，而其余4种鲳属鱼分别只Ile

7、有1个D-loop区。结构分析发现，珍鲳在16SrRNA–tRNA区域发生了ND1的重IV上海海洋大学硕士学位论文Pro排，并且出现了额外的tRNA和D-loop区。根据五种鲳属鱼类的线粒体基因组全序列、两个rRNA基因（16SrRNA和12SrRNA）和13个蛋白质编码基因，分别构建NJ进化树。根据NJ系统发育树可知，基于这三者构建的系统发育树是完全一致的：灰鲳和翎鲳聚为一支，是一对姐妹种；中国鲳单独形成一个进化支，并且相对于珍鲳和银鲳而言，中国鲳与翎鲳和灰鲳的亲缘关系较近；银鲳和珍鲳聚为一支，互为姐妹

8、种。3.银鲳26对多态微卫星引物的开发及其跨种扩增本研究采用磁珠富集法共开发了26对多态微卫星引物。共获得349个等位基因，每个位点的等位基因数为4个到22个不等，等位基因大小在60bp-366bp之间。每个位点的多态信息含量（PIC）为0.565-0.924之间，观测杂合度在0.267-1.000之间，期望杂合度在0.633-0.929之间。这26对多态性微卫星引物可以对珍鲳进行有效的扩增，可以研究珍鲳的遗传多样性和物种进化