牡蛎疱疹病毒魁蚶株基因组测定与分析

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1、？寸斯各义々＜ＫＩＡ＼Ｉ＼ｌ＼ＩＲｓ＼］＼０（ＭＩＮＡ（硕±学位论文ＭＡＳＴＥＲｍｓｓ目ＫＴＡＴＩＯＮ论文巧目；牡蜗疮疹病巧魁巧株基因组测定与分析Ｓｅｕｅｎｃｅａｎｄａｎａｌｓｉｓｏｆｔｈｅｅｎｏｍｅｏｆｑｙｇ－：１英文ＩＳ目ＯｓＨＶｉＳｃａｐＡａｍｉ化ｓｔｒａｉｎ作者：夏俊洋指导巧师：宋晓玲研究员学位类别：全日制学术学位专业名務：海洋生物学研究方向：＿＿海洋微生物巴Ｔ如晒Ｌｔ２０１５年５月的日

2、谨从此论文献给自己的研究生生活夏俊洋牡颇疮疹病毒魁地株基因组测定与分析学位论文答辩日期：慮巧指导教师签字：净翁＾答辩委员会成员签字：独创声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研巧成果。据我所知，除了文中特别加Ｗ标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含未获得（注＝如没有其他需要特别声明的，本栏可空）或其他教育机构的学位或证书使用过的材料一。与我同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了

3、明确的说明并表示谢意。￣＇学位论文作者签名：＾＾；］签字日期：的分年＾月若曰＾［＾＾／学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留，、使用学位论文的规定并同意Ｗ下事项：Ｕ学校有权保留并向国家有关部口或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。２、学校可Ｗ将学位论文的全部或部分内容编入巧关数据库进行检索，可Ｗ采用影印＇＇中、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同时授权清华大学＂国学术期刊（光盘版）电子杂志社用于出版和编入ＣＮＫ１《中国知识资

4、源总库》，授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》。（保密的学位论文在解密后适用本授权书）学位论文作者签名穿师签字：：方签字曰期：年月曰签字曰期２／年ｔ月曰（！：３牡蜗疮疼病毒魁蝴株基因纽测定与分析摘要首例双壳贝类感染疮疹样病毒粒子的案例于１９７２年发现于美国的美洲牡顿＇＇’（ＣｒｏＭＯＳｔｒｅｃｆｗｒｇｆｎ／ｃａ），同时也是无脊椎动物感染疮疹样病毒粒子的首例报道。，而疮疹病毒对双壳贝类的危害真正引起人们广泛关注，是上世纪９０年

5、代初Ｗ来一种疮疹样病毒粒子导致的法国、西班牙、新西兰、美国和墨西哥等全球多个国家养殖长牡颇，Ｗ及我国养殖巧孔扇贝夏季高温季节大规模死亡案例的发生。对一分离自法国长牡贩的病毒粒子进行全基因组测序和分析结果显示，该病毒为种新的疮疹病毒，与己知感染脊椎动物的其他疮疹病毒亲缘关系较远。在国际病毒分类委员会（ＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＣｏｍｍｉｔｅｅｏｎＴａｘｏｎｏｍｏｆＶｉｒｕｓＩＣＴＶ）２０１２ｙ，年发布的‘‘？，０別／ｅｄ／７ｅｒｅｓｒ，病毒分类报告中该病毒被正式命名

6、为牡顿疮疹病毒（／ｐｖ７ｕ５Ｊ’’－１化ＨＶ），（Ｗｅｒｎ加ｅ）并被分类在泡疹病毒目ｐｅｓｗ、软体动物疮疹病毒科’’’一（Ｍｏ／ｏｃｏｈｅｒｐｅｓｉｚ／ｎｃｔｏｅ）、牡蜗病毒属（化ｔｒｅｏｗ／ＸＫ），是该病毒属迄今唯病毒种。通过对引起我国北方沿海巧孔扇贝大规模死亡的急性病毒性坏死病毒（ＡｃｕｔｅＶ－ｉｒａｌＮｅｃｒｏｓｉｓＶｉｒｕｓ，ＡＶＮＶ）与ＯｓＨＶ１的全基因组序列比对和分析结果显示，一两者为同种疮疹病毒。近年来的分子流行病学调查研究结果显示，牡颇疮疹病毒自上世纪九十年代

7、被首次发现Ｗ后，其发生了较强的株系分化，并伴随着其宿主范围和致病力等流行病学特征的改变２００８一。例如，年前后法国出现种新的变－－异株ＷｓＨＶｌＭｖａｒ），取代ＯｓＨＶ１成为法国主要的致病病毒株。ＡｒｏＡ一魅邸（況ａｐＡａｒｃａｗｔｏ如／）是我国北方海区养殖的主要经济贝类之。２０１２然而自年Ｗ来，山东半岛及迁宁多个贝类苗种场的魁酣种贝出现大规模死亡现象，发病症状与之前牡顿疮疹病毒导致的我国巧孔扇贝大规模死ｔ时的症状类似：，主要包括双壳闭合不全、外套膜萎缩、内脏团发白和行动迟

8、缓等。经电镜、ＰＣＲ检测后认为牡顿疮疼病毒是引起魁曲种贝大规模死亡的主要病原。对该病毒－，与化ＨＶ１ＶＮＶ相比株部分基因组片段的初步测序结果显示和Ａ，其序列中存在较一－－－大的变异，Ｏ１ＣＤＳＢ２０１２，化ＨＶ１ＳＢ，是种新的病毒株命名为ｓＨＶ株简称。为在分子水平上研巧牡颇疮疹病毒的变化－－ＳＢ，本实验对化ＨＶ１进行全基因Ｖ－ｋ组测序。根据己公布的化Ｈ１全基因组序列（ＧｅｎＢａｎ；Ａ化０９巧３）和ＡＶＮＶ全基ｅｎＢａｎｋ：９３