铜绿假单胞菌sjtd-1烷烃诱导的差异蛋白组研究

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1、铜绿假单胞菌SJTD-1烷烃诱导的差异蛋白组研究硕士研究生：孙文兵学号：1120809039导师：刘建华教授申请学位：理学硕士学科：生物学所在单位：生命科学与技术学院答辩日期：2015年1月授予学位单位：上海交通大学万方数据PROTEOMERESEARCHOFPSEUDOMONASAERUGINOSASJTD-1INDUCEDBYALKANECandidate：WenbingSunStudentID:1120809039Supervisor：Prof.JianhuaLiuAcademicDegreeAppliedMasterofSciencef

2、or：Speciality：BiologySchoolofLifeScienceandAffiliation：BiotechnologyDateofDefence：January,2015Degree-Conferring-ShanghaiJiaoTongUniversityInstitution：万方数据上海交通大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文《基于蛋白质互作网络和转录共表达的疾病基因排序方法研究》，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写

3、过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日万方数据上海交通大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权上海交通大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密□。（请在以上方框内打“√”）学位论

4、文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日万方数据上海交通大学硕士学位论文摘要来自石油污染土壤的铜绿假单胞菌株SJTD-1可利用长链烷烃作为唯一碳源生长。我们已经测定并详细分析了假单胞菌株SJTD-1全基因组序列，证实铜绿假单胞菌株SJTD-1具有若干个烷烃降解酶的编码基因，推测与烷烃降解有关。然而假单胞菌株SJTD-1如何利用长链烷烃作为唯一碳源生存，编码烷烃降解酶的基因的表达调控机制是如何运行的我们一无所知。因此，本课题利用蛋白组相对定量技术分析SJTD-1的烷烃诱导差异蛋白组，从中鉴定与烷烃降解有关的蛋白，阐明烷烃降解机制。为了建

5、立蛋白组相对定量技术平台，本课题组建立了SDS-PAGE-1DLC-MS和offline-2DLC-MS两种蛋白组学定性技术，为研究铜绿假单胞菌SJTD-1差异蛋白组学的研究提供技术支撑。利用这两种技术平台分别鉴定获得1453和1623个可信蛋白；两种技术共鉴定到1912个可信蛋白。比较两种技术路线所鉴定到的蛋白种类差异，结果表明offline-2DLC-MS有利于SJTD-1菌株的膜蛋白、相对分子质量较大的蛋白和pI值不大于8的蛋白的鉴定；SDS-PAGE-1DLC-MS有利于pI值≥8，相对分子量较小的蛋白鉴定。另外对所有鉴定到的可信蛋白进

6、行了GO功能注释，亚细胞定位分析和代谢通路富集分析。总之，通过以上两种鉴定方法，我们获得铜绿假单胞SJTD-1菌株全蛋白组，为进一步分析SJTD-1与石油分解相关的关键代谢通路和相关蛋白提供了重要的线索和技术支撑。V万方数据上海交通大学硕士学位论文我们利用构建好的SDS-PAGE-1DLC-MS和offline-2DLC-MS两种技术平台建立了iTRAQ和lable-free相对定量技术研究假单胞菌烷烃诱导的差异蛋白组。通过两次iTRAQ相对定量蛋白组学重复实验，我们共到鉴定1871个可信蛋白，10996个唯一肽段。利用MannWhitneyT

7、est检验两组数据的重复性，最终我们获得了476差异蛋白。其中267个差异蛋白在正十八烷烃（C18）生长条件下表达量提高，209个蛋白在C18条件下表达降低。另外，我们应用非标记相对定量蛋白组学技术研究在烷烃诱导条件下假单胞菌差异蛋白组，我们共鉴定到1966个蛋白，24514个唯一肽段；差异蛋白为571个，其中C18条件下生长表达量提高的蛋白有325个，C18条件下表达降低的下调蛋白是246个蛋白。因此iTRAQ和lable-free两种相对定量技术总共鉴定到可信蛋白2287个，占铜绿假单胞菌株SJTD-1基因组可预测编码的5618个蛋白的40

8、.70%。两种技术总共鉴定到的差异蛋白为815个，其中上调464，下调351。对这些差异蛋白进行了GO功能分类和KEGG代谢通路分析，发现AlkB2（