优质鸡myd88基因多态性及其与白痢易感性的关联分析

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1、万方数据SichuanAgriculturalUniversityMasterDegreeDissertationHighqualitychickenMyD88genepolymorphismandcorrelationanalysiswithchickenpullorosisByFeiWangDirectedByYi—pingLiuAnimalGenetics，BreedingandReproductionMolecularGeneticsandPoultryBreedingTheCollegeofAnimalScienceandTechnology，SichuanAgricultura

2、lUniversityYa’an，SichuanProvince，P．R．ChinaJune，2014万方数据论文独创性声明UIIUlUlUUlIUIJO120751本人郑重声明：所早交的学位论文是我个人在导师指导h进行研究：L：作所取得的成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，学位论文中不包含其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得四川I农业大学或其它教育机构的学位或证二f=5所使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签轹五召_

3、∥。l降6只1}日关于论文使用授权的声明本人完全了解四川农业大学有关保留

4、、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意四川农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、，传播学位论文的全部或部分内容。f、u体论文不保密。口本论文保密，在一年解密后适用本授权。(请在以上口内划“、／”)研究生签名：导师签名：万疋．二一Lo刎缉¨7／．＼D6年够妒D计玩刀万方数据本研究得到I四JII省“+二五’’育种攻关项目(2011NZ0099．7)资助I四JII农业大学“畜禽遗传资源发掘与创新利用I四JII省重点实验室”完成万方数据捅妻鸡白痢是一种严重威胁现代家禽养

5、殖业的细菌性疾病，该病不仅可造成雏鸡的大规模死亡，同时隐性感染使得感染鸡生长迟缓、生产性状降低等，从而给养殖业造成重大的经济损失。养殖场主要疫苗接种和添加抗生素等药物的方法对其进行防治，同时也造成了致病菌耐药升高和禽产品抗生素残留等问题。随着研究的不断深入，人们发现鸡白痢的发生与个体的遗传因素相关。已有研究表明，NRAMPl、TLR4及MHC等基因多态性与抗鸡白痢沙门氏菌性状相关联。MyD88基因作为先天免疫通路中的一种重要的衔接蛋白，在免疫应答反应中发挥着重要作用。但是MyD88基因的多态性与鸡白痢疾病的关系却尚未见报道。为了探究鸡MyD88基因的多态性和鸡白痢沙门氏菌易感性之间的关联性

6、分析。本试验基于病例．对照试验设计，以二郎山山地鸡为试验材料，采集阳性鸡样本血样128份，阴性鸡血样156份，共284份血样提取全基因组DNA，采用制作DNA池进行直接测序的方法筛选MyD88基因CDS区的变异位点，然后对采集的所有样本进行直接测序来检；!)H,UMyD88基NCDS区的单核苷酸多态性，并进行基因分型，最后使用SPASS21．0软件和Hploview4．2软件分别进行等位基因频率和基因型频率分析、单倍型组构建和单倍型分析。结果发现：通过对目的片段测序，在第5外显子501bp的片段中一共发现8个SNP，其中7个SNP为已知的SNP，一个是新发现的SNP，为SNP8(G1116

7、T)。并且只有SNPI(c。934C>T)的等位基因频率在患病．对照组中差异显著(P<0．05)，SNPl(c．934C>T)、SNP3(c．1001G>T)两个突变位点的基因型频率在病例一对照组中的差异显著(P<0．05)；SNPl(c．934C>T)、SNP3(c．1001G>T)、SNP4(c．1010T>C)位点构成的单倍型在鸡白痢病例．对照组中差异极显著(P<0．01)；同时，SNP5(c．1020G>A)、SNP6(c．1037G>C)、SNP7(c．1096A>G)、SNP8(c．1116G>T)位点的单倍型与抗鸡白痢性状的差异不显著(P>0．05)。以上结果表明：鸡的MyD

8、88基因的单核营酸多态性与抗鸡白痢沙门氏菌的性状显著相关，可以作为一种抗鸡白痢性状的分子标记，为优质鸡的辅助标记选择提供一定的理论基础。关键词：二郎山山地鸡，鸡自痢，MyD88，易感性万方数据ABSTRACTSalmonellosisisoneofbacterialdiseasewhichisaseriousthreattothemodempoultryindustries．Thediseasecannotonlycau