基因家族分析套路

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1、.基因家族分析套路（一）近年来，测序价格的下降，导致越来越多的基因组完成了测序，在数据库中形成了大量的可用资源。如何利用这些资源呢？今天小编带你认识一下不测序也能发文章的思路--全基因组基因家族成员鉴定与分析（现在这一领域可是很热奥）；一、基本分析内容n数据库检索与成员鉴定n进化树构建n保守domain和motif分析.n基因结构分析.n转录组或荧光定量表达分析.二、数据库检索与成员鉴定1、数据库检索1）首先了解数据库用法，学会下载你要分析物种的基因组相关数据。一般也就是下面这些数据库了nBrachypodiumdb:http://www.brachy

2、podium.org/nTAIR:http://www.arabidopsis.org/nRice Genome Annotation Project ：http://rice.plantbiology.msu.edu/.nPhytozome:http://www.phytozome.net/nEnsemble:http://ensembl.gramene.org/genome_browser/index.html nNCBI基因组数据库：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/?term=2）已鉴定的家族成员获取。.

3、..    如何获得其他物种已发表某个基因家族的所有成员呢，最简单的就是下载该物种蛋白序列文件（可以从上述数据库中下载），然后按照文章中的ID，找到对应成员。对于没有全基因组鉴定的，可以下列数据库中找：   a. NCBI: nucleotide and protein db.     b. EBI: http://www.ebi.ac.uk/.     c. UniProtKB:http://www.uniprot.org/uniprot/2、比对工具。一般使用blast和hmmer，具体使用命令如下：nLocal BLASTformatdb–i d

4、b.fas–p F/T；blastall–p blastp(orelse) –i known.fas–d db.fas–m 8 –b 2(or else) e 1e-5 –o alignresult.txt.-b:output two different members in subject sequences (db).nHmmer (hidden Markov Model) search. Thesame as PSI-BLAST in function. It has a higher sensitivity, but the speed isl

5、ower.Command:hmmbuild--informatafaknown.hmmalignknown.fa;  hmmsearchknown.hmmdb.fas>align.out.3、过滤。nIdentity: 至少50%.nCover region: 也要超过50%或者蛋白结构域的长度....ndomain: 必须要有完整的该蛋白家族的。工具pfamdb (http://pfam.sanger.ac.uk/) 和NCBI Batch CD- search. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrp

6、sb/bwrpsb.cgi).nEST 支持n Blast and Hmmer同时检测到4、通过上述操作获得某家族的所有成员基因家族分析套路（二）本次主要讲解在基因家族分析类文章中，进化部分分析的内容。主要是进化树的构建与分析。一、构建进化树的基本步骤１、多序列比对. Muscle program.２、Model 选择. 分别针对蛋白序列和核酸序列的模型选择程序。ProtTest program for protein and ModelTest or Jmodetlest for DNA(http://user.qzone.qq.com/580017

7、04/blog).３、算法选择。三种. NJ, ML and BI.４、软件选择。 MEGA (bootstrap least 1000 replicates), phyML and Mrbayes (http://user.qzone.qq.com/58001704/main)....５、进化树修饰. MEGA: view->options and subtree-> draw options. Also can be decorated in word (http://user.qzone.qq.com/58001704/main)二、具体步骤 2

8、.1 多序列比对。一般采用muscle。因为 MUSCLE is one of the bes