北师-普通用户用pbs提交作业操作手册

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1、北京师范大学集群普通用户操作手册1.登陆管理节点本套集群设了一个管理节点node10，普通用户登陆到管理节点提交作业Node10IP为itcc.nju.edu.cn请使用ssh工具登陆，以下示例为xmanger工具。安装xmanager点击安装程序后直接默认下一步安装即可安装完后点击xshel选项点击后如下界面添加主机点击file里的new选项在此界面下，Connection选项里，Name里随便填写一个名字用来识别你所添加的机器即可，Host选项填写远程主机的IP地址然后点击Authentication选项此选项里，userName填写登陆用户名，password

2、填写登陆密码，填完后点击OK，添加主机完毕直接点解connect即可连上远程主机的shell里以后连接主机，直接点击open选项里所保存的主机即可直接登陆添加主机点击file里的new选项在此界面下，Connection选项里，Name里随便填写一个名字用来识别你所添加的机器即可，Host选项填写远程主机的IP地址然后点击Authentication选项，如下图此选项里，userName填写登陆用户名，password填写登陆密码，填完后点击OK，添加主机完毕直接点解connect即可连上远程主机的shell里以后连接主机，直接点击open选项里所保存的主机即可直接

3、登陆，无需再输入用户名和密码。第一次登陆后，请更改自己的用户密码2上传文件到集群点击绿色的newfiletransfer按钮打开xftp工具右键单击需要上传的文件或者文件夹，选择upload即可把文件上传到用户家目录下。3.进行计算作业运算注意：可以用pnodes来查看目前系统资源情况。[root@node10~]#pnodes[root@node10~]#pnodesfreenodes:9============================executingjobnodes:0============================downnodes:0===

4、=========================offlinenodes:0========================================================Down:Free:node1node2node3node4node5node6node7node8node9Full:Offline:Down状态是服务器和客户端连接不上，无法提交作业，需要检查计算节点。Free状态，可以提交作业的节点Offline状态：无法提交作业，通讯正常，需要用pbsnodes–c“节点名”来使其变为free状态，若不希望某节点能提交作业，可以用pbsn

5、odes–o“节点名”，使其无法提交作业。PBS脚本，示例如下。#PBS-Nvasp（作业的名字）#PBS–e/home/inspur/error###错误输出路径#PBS–o/home/inspur/work/stand####标准结果输出路径#PBS-lnodes=2:ppn=12（定义启动2个节点，每个节点启动12个核）#PBS-lwalltime=120:00:00（作业运行最大时间120个小时，估算自己的作业最大运行时间，这里指定一下。）#PBS-qbatch（作业提交到batch队列）#PBS–V（定义环境变量范围）#PBS-S/bin/bash（使用b

6、ash)############指定环境变量###########source/opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/iccvars.shintel64(定义intelMPI环境变量）source/opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/ifortvars.shintel64source/opt/intel/impi/4.0.0.028/bin64/mpivars.shsource/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/tools/environment/mklvarsem64t.shcd$

7、PBS_O_WORKDIR（进入到你的工作目录，当前作业提交的目录）EXEC=/home/inspur/test/test.exe##############脚本部分############NP=`cat$PBS_NODEFILE

8、wc-l`##########计算cpu使用核数NN=`cat$PBS_NODEFILE

9、sort

10、uniq

11、tee/tmp/nodes.$$

12、wc-l`###########计算使用节点数cat$PBS_NODEFILE>/tmp/nodefile.$$sed–is/^/ib/g/tmp/nodefile.$$mpirun-genv